<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">0372-9311</issn><issn publication-format="electronic">2686-7613</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Central Research Institute for Epidemiology</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">19062</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.36233/0372-9311-815</article-id><article-id pub-id-type="edn">YEQXSY</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL RESEARCHES</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">Characteristics of the COVID-19 epidemic process in the Northwestern Federal District during the circulation period of the Omicron variant (2022–2024)</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Особенности эпидемического процесса COVID-19 в Северо-Западном федеральном округе в период циркуляции геноварианта Omicron (2022–2024 годы)</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-6759-1907</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Gladkikh</surname><given-names>Anna S.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Гладких</surname><given-names>Анна Сергеевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>канд. биол. наук, с. н. с. лаб. молекулярно-генетического мониторинга</p></bio><email>angladkikh@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-2086-7480</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Khalilova</surname><given-names>Alena A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Халилова</surname><given-names>Алена Александровна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>м. н. с. лаб. молекулярно-генетического мониторинга</p></bio><email>alenasharova21@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0009-0003-1268-311X</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Popova</surname><given-names>Margarita R.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Попова</surname><given-names>Маргарита Руслановна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>м. н. с. лаб. молекулярно-генетического мониторинга</p></bio><email>popova@pasteurorg.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3074-8656</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Arbuzova</surname><given-names>Tatiana V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Арбузова</surname><given-names>Татьяна Владимировна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>м. н. с. лаб. молекулярно-генетического мониторинга</p></bio><email>arbuzova@pasteurorg.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5403-7357</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Klyuchnikova</surname><given-names>Ekaterina O.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Ключникова</surname><given-names>Екатерина Олеговна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>н. с. лаб. молекулярно-генетического мониторинга</p></bio><email>klyuchnikova@pasteurorg.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5500-0169</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Dedkov</surname><given-names>Vladimir G.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Дедков</surname><given-names>Владимир Георгиевич</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Med.), Deputy director for science</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>канд. мед. наук, зам. директора по науке</p></bio><email>vgdedkov@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">ФБУН «Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера»</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2026-10-02" publication-format="electronic"><day>02</day><month>10</month><year>2026</year></pub-date><volume>103</volume><issue>4</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>470</fpage><lpage>483</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2026-02-19"><day>19</day><month>02</month><year>2026</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2026, Gladkikh A.S., Khalilova A.A., Popova M.R., Arbuzova T.V., Klyuchnikova E.O., Dedkov V.G.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2026, Гладких А.С., Халилова А.А., Попова М.Р., Арбузова Т.В., Ключникова Е.О., Дедков В.Г.</copyright-statement><copyright-year>2026</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Gladkikh A.S., Khalilova A.A., Popova M.R., Arbuzova T.V., Klyuchnikova E.O., Dedkov V.G.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Гладких А.С., Халилова А.А., Попова М.Р., Арбузова Т.В., Ключникова Е.О., Дедков В.Г.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/19062">https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/19062</self-uri><abstract xml:lang="en"><p><bold>Introduction.</bold> COVID-19, caused by SARS-CoV-2, remains a significant global health issue. Since late 2021, the Omicron variant has become dominant, characterized by high transmissibility but reduced virulence. Studying the regional characteristics of the epidemic process during its circulation is essential for assessing the transformation of the COVID-19 epidemic process and the emergence of circulation patterns approaching endemicity.</p> <p><bold>Objective.</bold> Analysis of the epidemiological situation of COVID-19 in the Northwestern Federal District of the Russian Federation during the period of dominance of the SARS-CoV-2 Omicron variant.</p> <p><bold>Materials and methods.</bold> An analysis of Rospotrebnadzor statistical data on morbidity, case fatality rate, age structure, and severity of COVID-19 in the Northwestern Federal District (NWFD) for 2022–2024 was conducted. To study genetic diversity, S-gene sequencing was performed on 16,008 samples from COVID-19 patients across 11 subjects of the Northwestern Federal District to determine the genetic lineages of circulating strains.</p> <p><bold>Results. </bold>A decrease in annual morbidity was observed, from 1,768,558 cases in 2022 to 145,482 in 2024. Morbidity exhibited a wave-like pattern with peaks associated with the succession of Omicron subvariants. A shift in morbidity towards the 65+ age group was noted (an increase in proportion from 12.0% to 22.7%). The proportion of severe forms has decreased significantly (from 3.7% to 0.2%), and case fatality rate decreased from 4.4% to 0.2%, while the proportion of mild and asymptomatic cases increased.</p> <p><bold>Conclusion. </bold>The data suggest the emergence of features of SARS-CoV-2 circulation in the NWFD approaching an endemic pattern, accompanied by a decrease in severe cases and case fatality rate amid the continued replacement of Omicron subvariants. At the same time, the decline in reported morbidity should be interpreted with caution because it may have been affected by changes in testing coverage, case ascertainment, and registration practices. The results confirm the need to maintain molecular epidemiological surveillance; expanded genomic monitoring, including whole-genome sequencing, is required for the detection and detailed characterization of new potentially significant variants.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p><bold>Введение.</bold> COVID-19, вызванный вирусом SARS-CoV-2, остаётся значимой глобальной проблемой. С конца 2021 г. доминирующим стал вариант Omicron, отличающийся высокой трансмиссивностью, но сниженной вирулентностью. Изучение региональных особенностей эпидемического процесса в период циркуляции SARS-CoV-2 необходимо для оценки трансформации эпидемического процесса COVID-19 и формирования признаков циркуляции, приближающейся к эндемической.</p> <p><bold>Цель</bold> работы — анализ эпидемиологической ситуации по коронавирусной инфекции в Северо-Западном федеральном округе (СЗФО) Российской Федерации в период доминирования варианта SARS-CoV-2 Omicron.</p> <p><bold>Материалы и методы.</bold> Проведён анализ статистических данных Роспотребнадзора по заболеваемости, летальности, возрастной структуре и тяжести течения COVID-19 в СЗФО за 2022–2024 гг. Для изучения генетического разнообразия проведено секвенирование <italic>S</italic>-гена 16 008 образцов от пациентов с COVID-19 из 11 субъектов СЗФО для определения принадлежности циркулирующих штаммов к конкретным генетическим линиям.</p> <p><bold>Результаты. </bold>Установлено снижение годовой заболеваемости с 1 768 558 случаев в 2022 г. до 145 482 в 2024 г. Заболеваемость носила волнообразный характер с пиками, связанными со сменой субвариантов Omicron. Отмечено смещение заболеваемости в возрастную группу 65+ (рост доли с 12,0 до 22,7%). Доля тяжёлых форм значительно снизилась (с 3,7 до 0,2%), а летальность уменьшилась с 4,4 до 0,2%, при этом доля лёгких и бессимптомных случаев возросла.</p> <p><bold>Заключение.</bold> Полученные данные указывают на формирование признаков циркуляции SARS-CoV-2 в СЗФО, приближающейся к эндемическому типу и сопровождающейся снижением доли тяжёлых форм и летальности на фоне продолжающейся смены субвариантов Omicron. При этом снижение зарегистрированной заболеваемости требует осторожной интерпретации с учётом возможных изменений объёмов тестирования и выявляемости случаев. Результаты подтверждают необходимость сохранения молекулярно-эпидемиологического надзора; для выявления и детальной характеристики новых потенциально значимых вариантов требуется расширенный геномный мониторинг.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>COVID-19</kwd><kwd>epidemic process</kwd><kwd>morbidity</kwd><kwd>case fatality rate</kwd><kwd>genetic monitoring</kwd><kwd>Omicron variant</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>COVID-19</kwd><kwd>эпидемический процесс</kwd><kwd>заболеваемость</kwd><kwd>летальность</kwd><kwd>генетический мониторинг</kwd><kwd>геновариант Omicron</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Karim S.S.A., Karim Q.A. Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet. 2021;398(10317):2126–8. DOI: https://doi.org/10.1016/s0140-6736(21)02758-6 EDN: https://elibrary.ru/rbltsl</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Nyberg T., Ferguson N.M., Nash S.G., et al. Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study. Lancet. 2022;399(10332):1303–12. DOI: https://doi.org/10.1016/s0140-6736(22)00462-7 EDN: https://elibrary.ru/datyxy</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>Subramoney K., Mtileni N., Giandhari J., et al. Molecular epidemiology of SARS-CoV-2 during five COVID-19 waves and the significance of low-frequency lineages. Viruses. 2023;15(5):1194. DOI: https://doi.org/10.3390/v15051194 EDN: https://elibrary.ru/rcbslw</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., et al. Uninvited guest: arrival and dissemination of omicron lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms. 2022;10(8):1676. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms10081676 EDN: https://elibrary.ru/brmlkl</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Карпова Л.С., Пелих М.Ю., Поповцева Н.М. и др. Коронавирусная инфекция, вызванная вариантом «омикрон» и его дочерними геновариантами в России (в 2022–2023 гг.). Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2024;23(2):36–49. Karpova L.S., Pelikh M.Yu., Popovtseva N.M., et al. Coronavirus infection caused by the omicron variant and its daughter genovariants in Russia (2022-2023). Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2024;23(2):36–49. DOI: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2024-23-2-36-49 EDN: https://elibrary.ru/uqdnmi</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024;101(1):19–35. Popova A.Yu., Shchelkanov M.Yu., Krylova N.V., et al. Genotypic portrait of SARS-CoV-2 in Primorsky krai during the COVID-19 pandemic. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2024;101(1):19–35. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-497 EDN: https://elibrary.ru/pujffa</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., et al. Epidemiological features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses. 2022;14(5):931. DOI: https://doi.org/10.3390/v14050931 EDN: https://elibrary.ru/xgngef</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28(8):1166–7. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091 EDN: https://elibrary.ru/pdnjnv</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes. J. Open Source Softw. 2021;6(67):3773. EDN: https://elibrary.ru/imqmhu</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Тузова И.Н., Сарсков С.А., Кузоватова Е.Е. и др. Особенности эпидемического процесса COVID-19 в Приволжском федеральном округе в 2020–2023 гг. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2024;16(4):117–27. Tuzova I.N., Sarskov S.A., Kuzovatova E.E., et al. Characteristics of the COVID-19 epidemic process in the Volga Federal District in 2020–2023. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2024;16(4):117–27. DOI: https://doi.org/10.22328/2077-9828-2024-16-4-117-127 EDN: https://elibrary.ru/wguhtw</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Гущин В.А., Почтовый А.А., Кустова Д.Д. и др. Характеристика эпидемического процесса COVID-19 в Москве и поиск возможных факторов, определяющих тенденции наблюдаемых изменений. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023;100(4):267–84. Gushchin V.A., Pochtovyi A.A., Kustova D.D., et al. Characterisation of the COVID-19 epidemic process in Moscow and search for possible determinants of the trends of the observed changes. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2023;100(4): 267–84. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-375 EDN: https://elibrary.ru/pvnhvz</mixed-citation></ref><ref id="B12"><label>12.</label><mixed-citation>Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(3):269–86. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Ploskireva A.A., et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(3):269–86. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 EDN: https://elibrary.ru/zxgtfd</mixed-citation></ref><ref id="B13"><label>13.</label><mixed-citation>Загузов В.С., Лялина Л.В., Ветров В.В. и др. Эпидемиологическая оценка эффективности вакцинации в различные периоды развития эпидемического процесса COVID-19. Сибирский научный медицинский журнал. 2025;45(6):293–310. Zaguzov V.S., Lyalina L.V., Vetrov V.V., et al. Epidemiologic evaluation of vaccination efficacy during different periods of COVID-19 epidemic. The Siberian Scientific Medical Journal. 2025;45(6):293–310. DOI: https://doi.org/10.18699/SSMJ20250630 EDN: https://elibrary.ru/vwigcc</mixed-citation></ref><ref id="B14"><label>14.</label><mixed-citation>Addetia A., Piccoli L., Case J.B., et al. Neutralization, effector function and immune imprinting of Omicron variants. Nature. 2023;621(7979):592–601. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-023-06487-6 EDN: https://elibrary.ru/rjeicp</mixed-citation></ref><ref id="B15"><label>15.</label><mixed-citation>Ochani R., Asad A., Yasmin F., et al. COVID-19 pandemic: from origins to outcomes. A comprehensive review of viral pathogenesis, clinical manifestations, diagnostic evaluation, and management. Infez. Med. 2021;29(1):20–36.</mixed-citation></ref><ref id="B16"><label>16.</label><mixed-citation>Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4):381–96. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022; 99(4):381–96. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 EDN: https://elibrary.ru/kvulas</mixed-citation></ref><ref id="B17"><label>17.</label><mixed-citation>Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Siniavin A.E., et al. In vitro efficacy of antivirals and monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 omicron lineages XBB.1.9.1, XBB.1.9.3, XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.2.4, BQ.1.1.45, CH.1.1, and CL.1. Vaccines (Basel). 2023;11(10):1533. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines11101533 EDN: https://elibrary.ru/cxxgki</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
