Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1895610.36233/0372-9311-766ZNZMIGORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticlePrototype strains of SARS-CoV-2 genetic lineages identified in the Primorsky Krai during the COVID-19 pandemic (2020–2023)Прототипные штаммы генетических линий SARS-CoV-2, выявленных на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 (2020–2023 годы)https://orcid.org/0000-0001-8610-7623ShchelkanovMikhail Yu.ЩелкановМихаил Юрьевич
Russian Federation

D. Sci. (Biol.), Corresponding member of the Russian Academy of Sciences, Director; Head, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine

д-р биол. наук, член-корреспондент РАН, директор; зав. каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9048-6803KrylovaNatalya V.КрыловаНаталья Владимировна
Russian Federation

D. Sci. (Biol.), leading researcher, Head, Laboratory of respiratory infections

д-р биол. наук, в. н. с., зав. лаб. респираторных инфекций

krylovanatalya@gmail.comhttps://niivostok.ru/https://orcid.org/0000-0002-0303-3188BelikAlexey A.БеликАлексей Анатольевич
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of respiratory infections

канд. биол. наук, н. с. лаб. респираторных инфекций

belic_a_a@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5686-8672PersiyanovaElena V.ПерсияноваЕлена Викторовна
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of respiratory viral infections

канд. биол. наук, с. н. с. лаб. респираторных вирусных инфекций

helen-pers@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8313-5610BelovYurii A.БеловЮрий Александрович
Russian Federation

junior researcher, Head, Center for molecular diagnostics; assistant, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine

м. н. с., зав. Центром молекулярной диагностики; ассистент каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины

belov.ya@dvfu.ruhttps://orcid.org/0009-0003-8013-4489MaistrovskayaOlga S.МайстровскаяОльга Сергеевна
Russian Federation

junior researcher, Laboratory of respiratory infections

м. н. с. лаб. респираторных инфекций

osmas2103@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0002-0185-8458MikhalkoAnastasiya A.МихалкоАнастасия Анатольевна
Russian Federation

laboratory research assistant, Laboratory of respiratory infections; student, School of Life Sciences and Biomedicine

лаборант-исследователь лаб. респираторных инфекций; студентка Школы медицины и наук о жизни

nastya.mikhalko@inbox.ruhttps://orcid.org/0009-0001-7105-9849TrofimovaMariya F.ТрофимоваМария Федоровна
Russian Federation

junior researcher, Laboratory of respiratory infections

м. н. с. лаб. респираторных инфекций

shestaksin@gmail.comhttps://orcid.org/0009-0002-5265-8106ProsyannikovaMarina N.ПросянниковаМарина Николаевна
Russian Federation

Head, Laboratory of viral and particularly dangerous bacterial infections

зав. лаб. вирусных и особо опасных бактериальных инфекций

marpros67@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0006-3852-1014RomanovaOlga B.РомановаОльга Борисовна
Russian Federation

chief physician

главный врач

fguz@pkrpn.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7543-0633DetkovskayaTatyana N.ДетковскаяТатьяна Николаевна
Russian Federation

Head

руководитель

detkovskaya_tn@pkrpn.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3334-4673SimakovaAnna I.СимаковаАнна Ивановна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), Head, Department of infectious diseases

д-р мед. наук, зав. каф. инфекционных болезней

anna-inf@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1981-1079KryzhanovskiySergey P.КрыжановскийСергей Петрович
Russian Federation

D. Sci. (Med.), Professor, Corresponding member of the Russian Academy of Sciences, Scientific Head

д-р мед. наук, профессор, член-корреспондент РАН, научный руководитель

priemmodvoran@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8879-8496ZaporozhetsTatyana S.ЗапорожецТатьяна Станиславовна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), leading researcher, Laboratory of respiratory viral infections

д-р мед. наук, г. н. с. лаб. респираторных вирусных инфекций

niiem_vl@mail.ruG.P. Somov Institute of Epidemiology and MicrobiologyФГБНУ «Научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова» РоспотребнадзораFar Eastern Federal UniversityФГАОУ ВО «Дальневосточный федеральный университет»Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky kraiФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Приморском крае»Office of Rospotrebnadzor for Primorsky KraiУправление Роспотребнадзора по Приморскому краюPacific State Medical UniversityФГБОУ ВО «Тихоокеанский государственный медицинский университет»Medical Association of the Far Eastern Branch of the Russian Academy of SciencesМедицинское объединение Дальневосточного отделения Российской академии наук12072026103335436816102025Copyright ©; 2026, Shchelkanov M.Y., Krylova N.V., Belik A.A., Persianova E.V., Belov Y.A., Maistrovskaya O.S., Mikhalko A.A., Trofimova M.F., Prosyannikova M.N., Romanova O.B., Detkovskaya T.N., Simakova A.I., Kryzhanovskiy S.P., Zaporozhets T.S.Copyright ©; 2026, Щелканов М.Ю., Крылова Н.В., Белик А.А., Персиянова Е.В., Белов Ю.А., Майстровская О.С., Михалко А.А., Трофимова М.Ф., Просянникова М.Н., Романова О.Б., Детковская Т.Н., Симакова А.И., Крыжановский С.П., Запорожец Т.С.2026Shchelkanov M.Y., Krylova N.V., Belik A.A., Persianova E.V., Belov Y.A., Maistrovskaya O.S., Mikhalko A.A., Trofimova M.F., Prosyannikova M.N., Romanova O.B., Detkovskaya T.N., Simakova A.I., Kryzhanovskiy S.P., Zaporozhets T.S.Щелканов М.Ю., Крылова Н.В., Белик А.А., Персиянова Е.В., Белов Ю.А., Майстровская О.С., Михалко А.А., Трофимова М.Ф., Просянникова М.Н., Романова О.Б., Детковская Т.Н., Симакова А.И., Крыжановский С.П., Запорожец Т.С.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18956

Introduction. The evolutionary changes in the genome of the original SARS-CoV-2 virus clones associated with various combinations of mutations may be determined by geographical features. Monitoring of the molecular genetics and biological properties of regional strains is important for early detection of threats, forecasting the epidemic situation, assessing the risks of drug resistance and developing strategies to combat the virus. The formation of a collection of regional prototype strains reflecting the key characteristics of the Wuhan, Delta, and Omicron gene variants that circulated in Primorsky Krai during the pandemic will provide the basis for a subsequent comparative analysis of the genetic polymorphism and biological characteristics of the evolving variants of the virus. Furthermore, prototype strains can be used as test objects in evaluating the antiviral activity of known and newly developed compounds.

The aim of the study: formation of a collection of characterized prototype regional SARS-CoV-2 strains representing the genetic lineages of the main genetic variants: Wuhan, Delta, Omicron isolated in Primorsky Krai during the COVID-19 pandemic.

Materials and methods. SARS-CoV-2 strains were cultured in Vero E6 cells. The quantitative determination of the virus was carried out by titration in Vero E6 cells and by RT-qPCR. The genomic sequences of the virus were determined by nanopore sequencing. To assess the adequacy of the strains, remdesivir, an inhibitor of the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), was used as reference drug in determining sensitivity to therapeutic agents.

Results. A panel of prototype SARS-CoV-2 strains representing the dominant sublineages of the Wuhan, Delta, and Omicron genetic variants circulating in the Primorsky Krai during the pandemic (2020–2023) has been formed. Their molecular, genetic, and biological properties have been characterized. Multiple mutations have been identified in the ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7, ORF8, S, M, E, and N genes characteristic of the corresponding genetic lineages in combinations forming the regional portrait of the virus. A regular decrease in the replicative activity of the virus in Vero E6 cell culture from Wuhan-like genetic variants to Omicron SARS-CoV-2 genetic variants has been established. The adequacy of using regional strains of SARS-CoV-2 as test objects for evaluating the effectiveness of the reference drug, the SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA polymerase inhibitor has been proven.

Conclusion. Prototype strains of SARS-CoV-2 for genetic lineages isolated during the COVID-19 pandemic, having different virulence and containing a large set of mutations, can be used in virological, molecular biological and pharmaceutical methods for comparative study of the genetic relationship and biological properties of SARS-CoV-2 genetic variants, as well as for the development of treatments and COVID-19 prevention.

Введение. Эволюционные изменения генома исходных клонов вируса SARS-CoV-2, связанные с различными комбинациями мутаций, могут быть обусловлены географическими особенностями. Мониторинг молекулярно-генетических и биологических свойств региональных штаммов важен для раннего выявления угроз, прогнозирования эпидемической ситуации, оценки рисков лекарственной устойчивости и формирования стратегий борьбы с вирусом. Формирование коллекции региональных прототипных штаммов вирусов создаст основу для последующего сравнительного анализа их генетического полиморфизма и биологических характеристик эволюционирующих вариантов. Кроме того, прототипные штаммы могут использоваться в качестве тест-объектов при оценке противовирусной активности известных и вновь разрабатываемых соединений.

Целью настоящего исследования явилось создание коллекции охарактеризованных прототипных региональных штаммов SARS-CoV-2, представляющих генетические линии основных геновариантов Wuhan, Delta, Omicron, изолированных в Приморском крае в период пандемии COVID-19.

Материалы и методы. Штаммы SARS-CoV-2 культивировали в культуре клеток Vero Е6. Количественное определение вируса проводили титрованием в культуре клеток Vero Е6 и методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с обратной транскрипцией. Геномные последовательности вируса определяли методом нанопорового секвенирования. Для оценки адекватности штаммов в качестве тест-объектов при определении чувствительности к терапевтическим средствам использовали ингибитор РНК-зависимой РНК-полимеразы SARS-CoV-2 (RdRp) ремдесивир.

Результаты. Сформирована панель прототипных штаммов SARS-CoV-2, представляющих доминирующие сублинии геновариантов Wuhan, Delta, Omicron, циркулирующие на территории Приморского края в период пандемии COVID-19 (2020–2023 гг.). Охарактеризованы их молекулярно-генетические и биологические свойства. Выявлены множественные мутации в генах ORF1ab, ORF3a, ORF6, ORF7, ORF8, S, M, E и N, характерные для соответствующих генетических линий в комбинациях, формирующих региональный портрет вируса. Установлено закономерное снижение репликативной активности вируса в культуре клеток Vero E6 от Wuhan-подобных геновариантов к геноварианту Omicron SARS-CoV-2. Доказана адекватность использования региональных штаммов SARS-CoV-2 в качестве тест-объектов для оценки эффективности референсного препарата.

Заключение. Прототипные штаммы SARS-CoV-2 для генетических линий, изолированные в период пандемии COVID-19, обладающие различной вирулентностью и содержащие большой набор мутаций, могут быть использованы в вирусологических, молекулярно-биологических и фармацевтических исследованиях для сравнительного изучения генетического родства и биологических свойств геновариантов SARS-CoV-2, а также для разработки средств лечения и профилактики COVID-19.

SARS-CoV-2COVID-19Primorsky Kraigenome-wide sequencinggenotypes, strainsSARS-CoV-2COVID-19Приморский крайполногеномное секвенированиегенотипы, штаммыФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаFederal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare141-00089-21-02This work was supported by a state assignment from the Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology" of Rospotrebnadzor as part of the research project "Molecular-Genetic and Phenotypic Properties of Respiratory Infection Pathogens. Search for Effective Compounds from Terrestrial and Marine Biota of the Far East for the Development of Prevention and Treatment Agents" (registration no. 122041800135-3) and activity 2.1. "A Network of Sequencing Centers Has Been Created to Monitor the Variability of Infectious Disease Pathogens" of the Federal Project "Sanitary Shield of the Country — Health Safety" (Prevention, Detection, Response).Работа выполнена в рамках государственного задания Роспотребнадзора для ФГБНУ «НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова» Роспотребнадзора (НИР «Молекулярно-генетические и фенотипические свойства возбудителей респираторных инфекций. Поиск эффективных соединений из наземной и морской биоты Дальнего Востока для разработки средств профилактики и лечения» (рег. № 122041800135-3) и мероприятия 2.1. «Создана сеть центров секвенирования для мониторинга изменчивости возбудителей инфекционных болезней» Федерального проекта «Санитарный щит страны — безопасность для здоровья» (предупреждение, выявление, реагирование)».Щелканов Е.М., Уколов С.С., Дунаева М.Н. и др. Эхолокация рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) как элемент их экологической пластичности. Юг России: экология, развитие. 2020;15(4):6–20. Shchelkanov E.M., Ukolov S.S., Dunaeva M.N. et al. Echolocation of bats (Chiroptera Blumenbach, 1779) as an element of their ecological plasticity. South of Russia: Ecology, Development. Юг России: экология, развитие. 2020;15(4):6–20. DOI: https://doi.org/10.18470/1992-1098-2020-4-6-20 EDN: https://elibrary.ru/mubjcmЩелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Любченко Е.Н. и др. Рукокрылые: общая характеристика отряда. Владивосток; 2021. 130 с. Shchelkanov M.Yu., Tabakaeva T.V., Lyubchenko E.N. et al. Bats: general characteristics of the order. Vladivostok; 2021. 130 p. DOI: https://doi.org/10.24866/7444-5119-6 EDN: https://elibrary.ru/kkoowjЩелканов М.Ю., Львов Д.К. Новый субтип вируса гриппа А от летучих мышей и новые задачи эколого-вирусологического мониторинга. Вопросы вирусологии. 2012;(Приложение 1):159–168. Shchelkanov M.Yu., Lvov D.N. A new subtype of influenza A virus from bats and new challenges in ecological-virological monitoring. Problems in Virology, 2012; (Appendix 1): 159–168. EDN: https://elibrary.ru/qjanvzАльховский С.В., Львов Д.К., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Иссык-Куль (Issyk-Kul virus, ISKV; Bunyaviridae, Nairovirus), возбудителя иссык-кульской лихорадки, изолированного от летучих мышей (Vespertilionidae) и клещей Argas (Carios) vespertilionis (Latreille, 1796). Вопросы вирусологии. 2013;58(5):11–15. Al'hovskij S.V., L'vov D.K., Shchelkanov M.YU. et al. Taxonomy of Issyk-Kul virus (ISKV; Bunyaviridae, Nairovirus), the causative agent of Issyk-Kul fever, isolated from bats (Vespertilionidae) and ticks Argas (Carios) vespertilionis (Latreille, 1796). Problems of Virology, 2013;58(5):11–15. EDN: https://elibrary.ru/rgqwojЛьвов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю. и др. Таксономия вируса Сокулук (SOKV — Sokuluk virus) (Flaviviridae, Flavivirus, антигенный комплекс летучих мышей Энтеббе), изолированного в Киргизии от летучих мышей нетопырей-карликов (Vespertilio pipistrellus Schreber, 1774), аргасовых клещей (Argasidae Koch, 1844) и птиц. Вопросы вирусологии. 2014;59(1):30–34. L'vov D.K., Al'hovskij S.V., Shchelkanov M.Yu. Taxonomy of the Sokuluk virus (SOKV — Sokuluk virus) (Flaviviridae, Flavivirus, Entebbe bat antigen complex), isolated in Kyrgyzstan from common pipistrelle bats (Vespertilio pipistrellus Schreber, 1774), argasid ticks (Argasidae Koch, 1844) and birds. Problems of Virology, 2014; 59(1):30–34. EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=21300929Щелканов М.Ю., Magassouba Nf., Boiro M.Y., Малеев В.В. Причины развития эпидемии лихорадки Эбола в Западной Африке. Лечащий врач. 2014(11):30-36. Shchelkanov M.Yu., Magassouba Nf., Boiro M.Y., Maleev V.V. Causes of the Ebola epidemic in West Africa. The Practitioner. 2014(11):30–36. EDN: https://elibrary.ru/RYDIMZDevyatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., et al. The phylodynamics of the rabies virus in the Russian Federation. PLoS ONE. 2017;12(2):e0171855. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0171855 EDN: https://www.elibrary.ru/xwwghjЩелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020). Юг России: экология, развитие. 2020;15(3):6-30. Shchelkanov M.Yu., Dunaeva M.N., Moskvina N.V., et al. Catalog of bat viruses (2020). South of Russia: Ecology, Development. 2020;15(3):6–30. DOI: https://doi.org/10.18470/1992‐1098‐2020‐3‐6‐30 EDN: https://www.elibrary.ru/tzqsapLetko M., Seifert S.N., Olival K.J., et al. Bat-borne virus diversity, spillover and emergence. Nat. Rev. Microbiol. 2020; 18:461–471. DOI: https://doi.org/10.1038/s41579-020-0394-zЩелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae). Инфекция и иммунитет. 2020;10(2):221–246. Shchelkanov M.Yu., Popova A.Yu., Dedkov V.G., et al. History of investigation and current classification of coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae). Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;10(2):221–46. DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-HOI-1412 EDN: https://www.elibrary.ru/kziwrqЩелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение. Инфекция и иммунитет. 2020;10(3):421-445. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Burgasova O.A., et al. COVID-19: etiology, clinic, treatment. Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;10(3):421–445. DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-CEC-1473 EDN: https://www.elibrary.ru/imaadbШестопалов А.М., Кононова Ю.В., Гаджиев А.А. и др. Биоразнообразие и эпидемический потенциал коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) рукокрылых. Юг России: экология, развитие. 2020;15(2):17–34. Shestopalov A.M., Kononova Yu.V., Gadzhiev A.A., et al. Biodiversity and epidemic potential of chiropteran coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae). South of Russia: Ecology, Development. 2020;15(2): 17–34. DOI: https://doi.org/10.18470/1992-1098-2020-2-17-34 EDN: https://www.elibrary.ru/csbxlkZhou P., Yang X.-L., Wang X.-G., et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020;579(7798):270–273. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7Wu F., Zhao S., Yu B., et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020;579:265–269. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3Коренберг Э.И., Литвин В.Ю. Природная очаговость болезней: к 70-летию теории. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2010;(1):5–9. Korenberg Eh.I., Litvin V.Yu. Natural focality of diseases: on the 70th anniversary of the theory. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2010;(1):5–9. EDN: https://elibrary.ru/laedthЩелканов М.Ю., Аристова В.А., Чумаков В.М., Львов Д.К. Историография термина «природный очаг». В сб.: Новые и возвращающиеся инфекции в системе биобезопасности Российской Федерации. М.; 2014; 21–32. Shchelkanov M.Yu., Aristova V.A., Chumakov V.M., L'vov D.K. Historiography of the term "natural focus" In: New and recurring infections in the biosafety system of the Russian Federation. Moscow; 2014; 21–32. EDN: https://www.elibrary.ru/sawqmxЩелканов М.Ю., Леонова Г.Н., Галкина И.В., Андрюков Б.Г. У истоков концепции природной очаговости. Здоровье населения и среда обитания. 2021;(5):16–25. Shchelkanov M.Yu., Leonova G.N., Galkina I.V., Andryukov B.G. At the origins of the natural focality concept. Public Health and Life Environment. 2021;(5):16–25. DOI: https://doi.org/10.35627/2219-5238/2021-338-5-16-25 EDN: https://www.elibrary.ru/kfstljЩелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности. Лечащий врач. 2013;10:49–54. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Human coronaviruses (Nidovirales, Coronaviridae): increased level of epidemic threat. The Practitioner. 2013;(10):49–54. EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=22592720Щелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май–июль 2015 г.): причины, динамика, выводы. Тихоокеанский медицинский журнал. 2015;(3):89–93. Shchelkanov M.Yu., Ananiev V.Yu., Kuznetsov V.V., Shumatov V.B. Epidemic outbreak of MERS in the Republic of Korea (May–July, 20015): reasons, dynamics, conclusions. Pacific Medical Journal. 2015;(3):89–93. EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=24277741Morens D.M., Fauci A.S. Emerging pandemic diseases: how we got to COVID-19. Cell. 2020;182(5):1077–1092. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.021.Chan J.F., Li K.S., To K.K., et al. Is the discovery of the novel human betacoronavirus 2c EMC/2012 (HCoV-EMC) the beginning of another SARS-like pandemic? Journal of Infection. 2012;65(6):477–489. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jinf.2012.10.002Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II. Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–396. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: Evolution of the pandemic in Russia. Report II: Dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(4):381–396. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 EDN: https://www.elibrary.ru/kvulasЩелканов М.Ю. Этиология COVID-19. В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. М.; 2023:11–53. Shchelkanov M.Yu. Etiology of COVID-19. In: COVID-19: from Etiology to Vaccine Prevention. Guide for Doctors. Moscow; 2023: 11–53.Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024;101(1):19–35. Popova A.Yu., Shchelkanov M.Yu., Krylova N.V., et al. Genotypic portrait of SARS-CoV-2 in Primorsky Krai during the COVID-19 pandemic. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2024;101(1):19–35. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-497 EDN: https://www.elibrary.ru/pujffaGrubaugh N.D., Hodcroft E.B., Fauver J.R., et al. Public health actions to control new SARS-CoV-2 variants. Cell. 2021;184(5):1127–1132. DOI: 10.1016/j.cell.2021.01.044Challen R., Brooks-Pollock E., Read J.M., et al. Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJ. 2021; 372:n579. DOI: https://doi.org/10.1136/bmj.n579Yadav P.D., Sarkale P., Razdan A., et al. Isolation and characterization of SARS-CoV-2 Beta variant from UAE travelers. J. Infect. Public Health. 2021; 15(2):182–6. DOI: https://doi.org/10.1016/j.jiph.2021.12.011Campbell F., Archer B., Laurenson-Schafer H., et al. Increased transmissibility and global spread of SARS-CoV-2 variants of concern as at June 2021. Euro Surveill. 2021; 26(24):2100509. DOI: https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.24.2100509Tao K, Tzou P.L, Nouhin J, et al. The biological and clinical significance of emerging SARS-CoV-2 variants. Nature Reviews Genetics. 2021; 22 (12): 757–773. DOI: https://doi.org/10.1038/s41576-021-00408-x.Зайцева Н.В., Попова А.Ю., Алексеев В.Б. и др. Региональные особенности эпидпроцесса, вызванного вирусом SARS-CoV-2 (COVID-19), и меры компенсации влияния модифицирующих факторов неинфекционного генеза. Гигиена и санитария. 2022; 101(6): 701–708. Zaitseva N.V., Popova A.Yu., Alekseev V.B., et al. Regional features of the epidemic process caused by the SARS-COV-2 virus (COVID-19) and measures to compensate for the influence of modifying factors of non-infectious origin. Hygiene and sanitation. 2022; 101 (6); 701-708. DOI: https://doi.org/10.47470/0016-9900-2022-101-6-701-708Gonzalez-Recio O., Gutierrez-Rivas M., Peiro-Pastor R., et al. Sequencing of SARS-CoV-2 genome using different nanopore chemistries. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2021;105(8): 3225–34. DOI: https://doi.org/10.1007/s00253-021-11250-wBrejova B., Borsova K., Hodorova V., et al. Nanopore sequencing of SARS-CoV-2: comparison of short and long PCR-tiling amplicon protocols. PLoS One. 2021;16(10):e0259277. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259277Mosmann T. Rapid colorimetric assay for cellular growth and survival: Application to proliferation and cytotoxicity assays. J. Immunol. Methods. 1983;65:55–63. DOI: https://doi.org/10.1016/0022-1759(83)90303-4.Щелканов М.Ю., Сахурия И.Б., Бурунова В.В. и др. Дегидрогеназная активность ВИЧ-инфицированных клеток при анализе результатов МТТ-теста. Иммунология. 1999;20(1): 37–41. Shchelkanov M.Yu., Sakhuria I.B., Burunova V.V. et al. Dehydrogenase activity of HIV-infected cells in the analysis of MTT test results. Immunology (Moscow). 1999;20(1):37–41. EDN: https://www.elibrary.ru/lqohkgKrylova N.V., Kravchenko A.O., Likhatskaya G.N., et al. Carrageenans and the carrageenan-Echinochrome complex as anti-SARS-CoV-2 agents. Int. J. Mol. Sci. 2025;26:6175. DOI: https://doi.org/10.3390/ijms26136175 EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=82507642Volz E., Hill V., McCrone J.T., et al. Evaluating the effects of SARS-CoV-2 spike mutation D614G on transmissibility and pathogenicity. Cell. 2021;184(1):64.e11-75.e11. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020. EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=72304375Краснов Я.М., Попова А.Ю., Сафронов В.А. и др. Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1). Проблемы особо опасных инфекций. 2020;3:70-82. Krasnov Ya.M., Popova A.Yu., Safronov V.A., et al. Analysis of the SARS-CoV-2 genomic diversity and epidemiological signs of adaptation of the COVID-19 pathogen to the human population (Message 1). problemy osobo opasnykh infektsii. 2020;3:70-82. DOI: https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-70-82 EDN: https://elibrary.ru/item.asp?id=44087475Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., et al. Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell. 2020;182(4):812–827.e19. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043.Plante J.A., Liu Y., Liu J., et al. Spike mutation D614G alters SARS-CoV-2 fitness. Nature. 2021;592(7852):116–121. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-020-2895-3.Wang S., Ran W., Sun L., et al. Sequential glycosylations at the multibasic cleavage site of SARS-CoV-2 spike protein regulate viral activity. Nat Commun. 2024;15(1):4162. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-024-48503-x.Johnson B.A., Xie X., Bailey A.L. et al. Loss of furin cleavage site attenuates SARS-CoV-2 pathogenesis. Nature 2021;591: 293–299. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-021-03237-4McCallum M., Czudnochowski N., Rosen L.E. et al. Structural basis of SARS-CoV-2 Omicron immune evasion and receptor engagement. Science. 2022;375(6583):864–868. DOI: https://doi.org/10.1126/science.abn8652.Xia S., Wang L., Zhu Y. et al. Origin, virological features, immune evasion and intervention of SARS-CoV-2 Omicron sublineages. Signal Transduction and Targeted Therapy. 2022;7(1):241. DOI: https://doi.org/10.1038/s41392-022-01105-9.Liu C., Ginn H.M., Dejnirattisai W. et al. Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.617 by vaccine and convalescent serum. Cell. 2021;184(16):4220-4236.e13. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.06.020Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Подойницына О.А., и др. Генетическое разнообразие вируса SARS-CoV-2: Орловская область, декабрь, 2020 г. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 2021. Vodopyanov A.S., Pisanov R.V., Podoinitsyna O. A., et al. Genetic diversity of the SARS-CoV-2 virus: Orel region, December, 2020. COVID19-PREPRINTS.MICROBE.RU. 2021.DOI: https://doi.org/10.21055/preprints-3111943Aiewsakun P., Phumiphanjarphak W., Ludowyke N., et al. Systematic exploration of SARS-CoV-2 adaptation to Vero E6, Vero E6/TMPRSS2, and Calu-3 cells. Genome Biol Evol., 2023; 15(4):evad035. DOI: https://doi.org/10.1093/gbe/evad035Magnus C.L., Jaber Z.H., Hiergeist A., et al. SARS-CoV-2 evolution enhances endocytic uptake while preserving TMPRSS2-dependent fusion. Front Immunol. 2026;16:1736891. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2025.1736891Kinoshita H., Yamamoto T., Kuroda Y. et al. Improved efficacy of SARS-CoV-2 isolation from COVID-19 clinical specimens using VeroE6 cells overexpressing TMPRSS2 and human ACE2. Sci Rep. 2024;14:24858. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-024-75038-4Chera A., Tanca A. Remdesivir: the first FDA-approved anti-COVID-19 Treatment for Young Children. Discoveries (Craiova). 2022;10(2):e151. DOI: https://doi.org/10.15190/d.2022.10Gordon C.J., Tchesnokov E.P., Woolner E., et al. Remdesivir is a direct-acting antiviral that inhibits RNA-dependent RNA polymerase from severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 with high potency. J. Biol. Chem. 2020;295(20):6785–6797. DOI: https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.013679.Zhou H., Møhlenberg M., Thakor J.C., et al. Sensitivity to vaccines, therapeutic antibodies, and viral entry inhibitors and advances to counter the SARS-CoV-2 Omicron variant. Clin Microbiol Rev. 2022; 35(3):e0001422. DOI: https://doi.org/10.1128/cmr.00014-22Biswas S.K., Mudi S.R. Spike protein D614G and RdRp P323L: the SARS-CoV-2 mutations associated with severity of COVID-19. Genomics Inform. 2020; 18(4):e44. DOI: https://doi.org/10.5808/GI.2020.18.4.e44Mari A., Roloff T., Stange M., et al. Global genomic analysis of SARS-CoV-2 RNA dependent RNA polymerase evolution and antiviral drug resistance. Microorganisms. 2021; 9(5):1094. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms9051094