<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE root>
<article xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/" article-type="research-article" dtd-version="1.2" xml:lang="en"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="en">Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology</journal-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn publication-format="print">0372-9311</issn><issn publication-format="electronic">2686-7613</issn><publisher><publisher-name xml:lang="en">Central Research Institute for Epidemiology</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="publisher-id">18581</article-id><article-id pub-id-type="doi">10.36233/0372-9311-398</article-id><article-id pub-id-type="edn">mnxbqo</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL RESEARCHES</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="toc-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="article-type"><subject>Research Article</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title xml:lang="en">HIV-1 drug resistance among naïve patients in Armenia in 2017–2021</article-title><trans-title-group xml:lang="ru"><trans-title>Исследование устойчивости вируса иммунодефицита человека типа I к антиретровирусным препаратам у наивных пациентов в Армении в 2017–2021 годах</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-1543-5579</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Osadchaya</surname><given-names>Olga A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Осадчая</surname><given-names>Ольга Алексеевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>junior researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>м.н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7896-2379</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kireev</surname><given-names>Dmitry E.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Киреев</surname><given-names>Дмитрий Евгеньевич</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-5870-5594</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Saleeva</surname><given-names>Daria V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Салеева</surname><given-names>Дарья Владиславовна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>н.с., лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-7116-0138</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kirichenko</surname><given-names>Alina A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Кириченко</surname><given-names>Алина Алексеевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-6328-1415</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Lapovok</surname><given-names>Ilya A.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Лаповок</surname><given-names>Илья Андреевич</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., с.н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-2826-699X</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Lopatukhin</surname><given-names>Alexey E.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Лопатухин</surname><given-names>Алексей Эдуардович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1390-8021</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Shlykova</surname><given-names>Anastasia V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Шлыкова</surname><given-names>Анастасия Вениаминовна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>н.с. лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0009-0002-8168-9497</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Makhmudova</surname><given-names>Leila F.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Махмудова</surname><given-names>Лейла Фазировна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>laboratory assistant researcher, Laboratory of diagnostics and molecular epidemiology of HIV-infection</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>лаборант-исследователь лаб. диагностики и молекулярной эпидемиологии ВИЧ-инфекции</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-2994-151X</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Ladnaya</surname><given-names>Natalia N.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Ладная</surname><given-names>Наталья Николаевна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Federal Scientific and Methodological Center for the Prevention and Control of AIDS</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., с.н.с. Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИДом</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Hovakimyan</surname><given-names>Ermis M.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Овакимян</surname><given-names>Эрмис Мисаковна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="AM">Armenia</country></address><bio xml:lang="en"><p>Head, Clinical department</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>зав. клиническим отделением</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-2067-9503</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Martoyan</surname><given-names>Siranush V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Мартоян</surname><given-names>Сирануш Вачиковна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="AM">Armenia</country></address><bio xml:lang="en"><p>epidemiologist</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>врач-эпидемиолог</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-5612-8933</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Kazaryan</surname><given-names>Hovsep K.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Казарян</surname><given-names>Овсеп Карапетович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="AM">Armenia</country></address><bio xml:lang="en"><p> Cand. Sci. (Biol.), scientific researcher</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.б.н., н.с.</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Hovsepyan</surname><given-names>Tamara V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Овсепян</surname><given-names>Тамара Врежовна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="AM">Armenia</country></address><bio xml:lang="en"><p>Head, Diagnostic laboratory</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>зав. лабораторией</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Sargsiants</surname><given-names>Narina K.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Саргсянц</surname><given-names>Нарина Константиновна</given-names></name></name-alternatives><address><country country="AM">Armenia</country></address><bio xml:lang="en"><p>Cand. Sci. (Med.), deputy director</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>к.м.н., зам. директора</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff2"/></contrib><contrib contrib-type="author"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-9514-7288</contrib-id><name-alternatives><name xml:lang="en"><surname>Pokrovsky</surname><given-names>Vadim V.</given-names></name><name xml:lang="ru"><surname>Покровский</surname><given-names>Вадим Валентинович</given-names></name></name-alternatives><address><country country="RU">Russian Federation</country></address><bio xml:lang="en"><p>D. Sci. (Med.), Professor, Academician of the Russian Academy of Sciences, Head, Specialized research department for the prevention and control of AIDS</p></bio><bio xml:lang="ru"><p>д.м.н., профессор, академик РАН, зав. Специализированного научно-исследовательского отдела по профилактике и борьбе со СПИДом</p></bio><email>osadchaya96@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff1"><aff><institution xml:lang="en">Central Research Institute of Epidemiology</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора</institution></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff2"><aff><institution xml:lang="en">National Center for Infectious Diseases</institution></aff><aff><institution xml:lang="ru">Национальный центр инфекционных болезней</institution></aff></aff-alternatives><pub-date date-type="pub" iso-8601-date="2024-05-10" publication-format="electronic"><day>10</day><month>05</month><year>2024</year></pub-date><volume>101</volume><issue>2</issue><issue-title xml:lang="en"/><issue-title xml:lang="ru"/><fpage>184</fpage><lpage>192</lpage><history><date date-type="received" iso-8601-date="2024-05-10"><day>10</day><month>05</month><year>2024</year></date></history><permissions><copyright-statement xml:lang="en">Copyright ©; 2024, Osadchaya O.A., Kireev D.E., Saleeva D.V., Kirichenko A.A., Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Shlykova A.V., Makhmudova L.F., Ladnaya N.N., Hovakimyan E.M., Martoyan S.V., Kazaryan H.K., Hovsepyan T.V., Sargsiants N.K., Pokrovsky V.V.</copyright-statement><copyright-statement xml:lang="ru">Copyright ©; 2024, Осадчая О.А., Киреев Д.Е., Салеева Д.В., Кириченко А.А., Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Шлыкова А.В., Махмудова Л.Ф., Ладная Н.Н., Овакимян Э.М., Мартоян С.В., Казарян О.К., Овсепян Тамара Врежовна Т.В., Саргсянц Н.К., Покровский В.В.</copyright-statement><copyright-year>2024</copyright-year><copyright-holder xml:lang="en">Osadchaya O.A., Kireev D.E., Saleeva D.V., Kirichenko A.A., Lapovok I.A., Lopatukhin A.E., Shlykova A.V., Makhmudova L.F., Ladnaya N.N., Hovakimyan E.M., Martoyan S.V., Kazaryan H.K., Hovsepyan T.V., Sargsiants N.K., Pokrovsky V.V.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="ru">Осадчая О.А., Киреев Д.Е., Салеева Д.В., Кириченко А.А., Лаповок И.А., Лопатухин А.Э., Шлыкова А.В., Махмудова Л.Ф., Ладная Н.Н., Овакимян Э.М., Мартоян С.В., Казарян О.К., Овсепян Тамара Врежовна Т.В., Саргсянц Н.К., Покровский В.В.</copyright-holder><ali:free_to_read xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/"/><license><ali:license_ref xmlns:ali="http://www.niso.org/schemas/ali/1.0/">https://creativecommons.org/licenses/by/4.0</ali:license_ref></license></permissions><self-uri xlink:href="https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18581">https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18581</self-uri><abstract xml:lang="en"><p>Background. The increased antiretroviral therapy (ART) coverage of patients in the absence of routine drug resistance (DR) tests highlight the importance of HIV-1 drug resistance surveillance in Armenia.</p> <p>Aim. The aim of this study was a determination of the prevalence of HIV-1 DR on a large-scale cohort of HIV-infected citizens of the Republic of Armenia who had no experience of taking antiretroviral drugs.</p> <p>Materials and methods. The study was carried out on a cohort of more than 20% of PLHIV in the Republic of Armenia. The resulting 982 nucleotide sequences of the HIV-1 pol gene fragment, encoding the protease and reverse transcriptase region, as well as 367 sequences of the integrase gene, were analyzed using the Stanford University database and the CPR tool for the presence of drug resistance mutations and determination of the resistance level to ARV drugs. The HIV-1 subtype was determined using the Stanford University database and confirmed by phylogenetic analysis.</p> <p>Results. The overall prevalence of HIV DR to ARV drugs in naïve patients was 13.8%. Resistance to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors was 11.2%, nucleotide reverse transcriptase inhibitors — 1.4%, protease inhibitors — 2.0% and integrase inhibitors — 0.5%. The predominant genetic variant among viruses containing DR mutations was subtype B. Resistance was most often recorded among men who have sex with men living in Yerevan.</p> <p>Conclusion. In our study, prevalence of DR was high only for the NNRTI drugs. The results show that the first-line ARV drugs recommended in current national guidelines are highly likely to be effective. The analysis was carried out on a significant proportion of HIV-infected citizens of the Republic of Armenia, which increases the reliability and accuracy of the data obtained.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="ru"><p>Введение. Увеличение охвата пациентов, принимающих антиретровирусную терапию (АРВТ), и ограничения в проведении тестов на лекарственную устойчивость (ЛУ) определяют важность эпидемиологического надзора за резистентностью ВИЧ-1 в Республике Армения.</p> <p>Цель исследования — определение распространённости ЛУ ВИЧ-1 на обширной выборке ВИЧ-инфицированных граждан Республики Армения, не имевших опыта приёма антиретровирусных препаратов (АРВП).</p> <p>Материалы и методы. Исследование было выполнено на выборке, составляющей более 20% людей, живущих с ВИЧ, в Республике Армения. Полученные 982 нуклеотидные последовательности фрагмента гена pol ВИЧ-1, кодирующих область протеазы и обратной транскриптазы, а также 367 последовательностей гена интегразы были проанализированы с помощью базы данных Стенфордского университета и инструмента СPR на наличие мутаций резистентности и определение уровня ЛУ к АРВП. Субтип ВИЧ-1 в исследованных образцах был определён с помощью базы данных Стэнфордского университета и подтверждён филогенетическим анализом.</p> <p>Результаты. Общая распространённость ЛУ к АРВП у наивных пациентов составила 13,8%. Резистентность к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы составила 11,2%, к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы — 1,4%, к ингибиторам протеазы — 2,0%, к ингибиторам интегразы — 0,5%. Преобладающим генетическим вариантом среди вирусов, содержащих мутации резистентности, был субтип В. Резистентность наиболее часто регистрировалась у мужчин, имеющих секс с мужчинами, проживающих в Ереване.</p> <p>Заключение. В нашем исследовании высокий уровень ЛУ оказался высоким только к ненуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы. Результаты показывают, что рекомендуемые в современных национальных руководствах АРВП 1-й линии терапии с высокой долей вероятности будут эффективными. Проведённый анализ был осуществлён на значимой доле ВИЧ-инфицированных граждан Республики Армения, что повышает достоверность и точность полученных данных.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="en"><kwd>HIV infection</kwd><kwd>drug resistance</kwd><kwd>antiretroviral therapy</kwd><kwd>mutation</kwd><kwd>Armenia</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>ВИЧ-инфекция</kwd><kwd>лекарственная устойчивость</kwd><kwd>антиретровирусная терапия</kwd><kwd>мутации резистентности</kwd><kwd>Республика Армения</kwd></kwd-group><funding-group/></article-meta></front><body></body><back><ref-list><ref id="B1"><label>1.</label><mixed-citation>Saadat V.M. HIV risks, testing, and treatment in the former Soviet Union: challenges and future directions in research and methodology. Cent. Asian J. Glob. Health. 2015;4(2):225. doi: https://doi.org/10.5195/cajgh.2015.225</mixed-citation></ref><ref id="B2"><label>2.</label><mixed-citation>Kelly S.L., Shattock A.J., Kerr C.C., et al. Optimizing HIV/AIDS resources in Armenia increasing ART investment and examining HIV programmes for seasonal migrant labourers. J. Int. AIDS Soc. 2016;19(1):20772. doi: https://doi.org/10.7448/ias.19.1.20772</mixed-citation></ref><ref id="B3"><label>3.</label><mixed-citation>National Center for AIDS Prevention. Biological and Behavioral Surveillance Survey on Armenia, Male, Seasonal Labor Migrants in Urban Communities in Armenia; 2018.</mixed-citation></ref><ref id="B4"><label>4.</label><mixed-citation>Mallitt K.A., Grigoryan S.R., Papoyan A.S., et al. Access to antiretroviral therapy and survival in Eastern Europe and Central Asia: a case study in Armenia. J. Int. AIDS Soc. 2014;17(1):18795. DOI: https://doi.org/10.7448/ias.17.1.18795</mixed-citation></ref><ref id="B5"><label>5.</label><mixed-citation>Vella S., Schwartländer B., Sow S.P., et al. The history of antiretroviral therapy and of its implementation in resource-limited areas of the world. AIDS. 2012;26(10):1231–41. doi: https://doi.org/10.1097/qad.0b013e32835521a3</mixed-citation></ref><ref id="B6"><label>6.</label><mixed-citation>Seble G.K., Geoffrey B., Jagadish C.S., et al. HIV-1 transmitted drug resistance surveillance shifting trends in study and prevalence estimates. J. Int. AIDS Soc. 2020;23(9):e25611. DOI: https://doi.org/10.1002/jia2.25611</mixed-citation></ref><ref id="B7"><label>7.</label><mixed-citation>WHO. HIV Drug Resistance Report 2017. Geneva; 2017.</mixed-citation></ref><ref id="B8"><label>8.</label><mixed-citation>Laga V., Vasilyev A., Lapovok I., et al. HIV type 1 subtype A1 dominates in Armenia. Curr. HIV Res. 2015;13(3):219–25. DOI: https://doi.org/10.2174/1570162x13666150407142834</mixed-citation></ref><ref id="B9"><label>9.</label><mixed-citation>Осадчая О.А., Ерошкин П.В., Кириченко А.А. и др. Изучение передачи лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в Республике Армения с помощью биоинформатических методов. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2021;11(4):53–60. Osadchaya O.A., Eroshkin P.V., Kirichenko A.A., et al. Studying the transmission of HIV-1 drug resistance in the Republic of Armenia using bioinformatics methods. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items. 2021;11(4):53–60. doi: https://doi.org/10.18565/epidem.2021.11.4.53-60 EDN: https://elibrary.ru/zylroa</mixed-citation></ref><ref id="B10"><label>10.</label><mixed-citation>Kirichenko A., Kireev D., Lopatukhin A., et al. Prevalence of HIV-1 drug resistance in Eastern European and Central Asian countries. PLoS One. 2022;17(1):e0257731. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0257731</mixed-citation></ref><ref id="B11"><label>11.</label><mixed-citation>Kirichenko A., Kireev D., Lapovok I., et al. Prevalence of pretreatment HIV-1 drug resistance in Armenia in 2017–2018 and 2020–2021 following a WHO survey. Viruses. 2022;14(11):2320. DOI: https://doi.org/10.3390/v14112320</mixed-citation></ref></ref-list></back></article>
