Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1853010.36233/0372-9311-497pujffaORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleGenotypic portrait of SARS-CoV-2 in Primorsky Krai during the COVID-19 pandemicГенотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19https://orcid.org/0000-0003-2567-9032PopovaAnna Y.ПоповаАнна Юрьевна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), Professor, Head, Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare

д.м.н., профессор, руководитель Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

uglevas@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8610-7623ShchelkanovMikhail Y.ЩелкановМихаил Юрьевич
Russian Federation

D. Sci. (Biol.), Director, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; Head, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine, Far Eastern Federal University

д.б.н., директор НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; зав. каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины Дальневосточного федерального университета

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-9048-6803KrylovaNatalia V.КрыловаНаталья Владимировна
Russian Federation

D. Sci. (Biol.), leading researcher, Head, Laboratory of respiratory infections, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; assistant professor, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine, Far Eastern Federal University

д.б.н., в.н.с., зав. лаб. респираторных инфекций НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; доцент каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины Дальневосточного федерального университет

krylovanatalya@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-0303-3188BelikAlexey A.БеликАлексей Анатольевич
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of respiratory infections, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

к.б.н., н.с. лаб. респираторных инфекций НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова

belik_a_a@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0002-1095-7968SemeikinaLyubov M.СемейкинаЛюбовь Михайловна
Russian Federation

postgraduate student, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; Deputy Head, Department of epidemiology, Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky Krai

аспирант НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; зам. зав. отделом эпидемиологии Центра гигиены и эпидемиологии в Приморском крае

lms78@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8879-8496ZaporozhetsTatyana S.ЗапорожецТатьяна Станиславовна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), leading researcher, Laboratory of respiratory viral infections, Deputy Director for science, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

д.м.н., г.н.с. лаб. респираторных вирусных инфекций, зам. директора по научной работе НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова

niiem_vl@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1773-4097SmolenskiyVyacheslav Y.СмоленскийВячеслав Юрьевич
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), Deputy Head, Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare

к.м.н., зам. руководителя Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

aidscouncil@gsen.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5686-8672PersianovaElena V.ПерсияноваЕлена Викторовна
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), researcher, Laboratory of respiratory viral infections, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

к.б.н., с.н.с. лаб. респираторных вирусных инфекций НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова

helen-pers@yandex.ruhttps://orcid.org/0009-0002-5265-8106ProsyannikovaMarina N.ПросянниковаМарина Николаевна
Russian Federation

Head, Laboratory of viral and particularly dangerous bacterial infections, Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky Krai

зав. лаб. вирусных и особо опасных бактериальных инфекций Центра гигиены и эпидемиологии в Приморском крае

marpros67@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8313-5610BelovYuriy A.БеловЮрий Александрович
Russian Federation

junior researcher, Head, Center for molecular diagnostics, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; assistant, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine, Far Eastern Federal University

м.н.с., зав. Центром молекулярной диагностики НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; ассистент каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины Дальневосточного федерального университета

bornley@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6723-582XIunikhinaOlga V.ИунихинаОльга Викторовна
Russian Federation

Cand. Sci. (Med.), Head, Laboratory of zoonotic infections, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; assistant professor, Department of epidemiology, microbiology and parasitology with the International scientific and educational center for biological safety of Rospotrebnadzor, School of Life Sciences and Biomedicine, Far Eastern Federal University

к.м.н., зав. лаб. зоонозных инфекций НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; доцент каф. эпидемиологии, микробиологии и паразитологии с Международным научно-образовательным Центром биологической безопасности Роспотребнадзора Школы наук о жизни и биомедицины Дальневосточного федерального университета

olga-iun@inbox.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1235-4960PottAnastasiya B.ПоттАнастасия Борисовна
Russian Federation

researcher, Laboratory of respiratory viral infections, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

н.с. лаб. респираторных вирусных инфекций НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0009-0007-3941-228XKhomichukTatyana F.ХомичукТатьяна Фатеевна
Russian Federation

Head, Department of epidemiology, Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky Krai

зав. отделом эпидемиологии Центра гигиены и эпидемиологии в Приморском крае

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3334-4673SimakovaAnna I.СимаковаАнна Ивановна
Russian Federation

D. Sci. (Med.), Head, Department of infectious diseases, Pacific State Medical University

д.м.н., зав. каф. инфекционных болезней Тихоокеанского государственного медицинского университета

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2428-3186AbramovaSvetlana A.АбрамоваСветлана Алексеевна
Russian Federation

junior researcher, Pathology laboratory, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology

м.н.с. лаб. патоморфологии НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова

adorob@mail.ruRomanovaOlga B.РомановаОльга Борисовна
Russian Federation

chief physician, Center for Hygiene and Epidemiology in Primorsky Krai

главный врач Центра гигиены и эпидемиологии в Приморском крае

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7543-0633DetkovskayaTatyana N.ДетковскаяТатьяна Николаевна
Russian Federation

Head, Office of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare for the Primorsky Krai

руководитель Управления Роспотребнадзора по Приморскому краю

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1981-1079KryzhanovskiySergey P.КрыжановскийСергей Петрович
Russian Federation

D. Sci. (Med.), Professor, Corresponding member of the Russian Academy of Sciences, Scientific Head, Medical Association, Far Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences

д.м.н., профессор, член-корреспондент РАН, научный руководитель Медицинского объединения Дальневосточного отделения Российской академии наук

adorob@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2760-9778BesednovaNatalia N.БеседноваНаталия Николаевна
Russian Federation

д.м.н., профессор, академик РАН, г.н.с. лаб. иммунобиологических препаратов НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова; главный научный сотрудник научно-исследовательского отдела Медицинского объединения Дальневосточного отделения Российской академии наук

D. Sci. (Med.), Professor, Full Member of the Russian Academy of Sciences, main researcher, Laboratory of immunobiological preparations, G.Р. Somov Institute of Epidemiology and Microbiology; Chief Researcher, Research Department, Medical Association of the Far Eastern Branch of the Russian Academy of Sciences

adorob@mail.ruFederal Service for the Oversight of Consumer Protection and WelfareФедеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человекаG.Р. Somov Institute of Epidemiology and MicrobiologyНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. СомоваFar Eastern Federal UniversityДальневосточный федеральный университетCenter for Hygiene and Epidemiology in Primorsky KraiЦентр гигиены и эпидемиологии в Приморском краеPacific State Medical UniversityТихоокеанский государственный медицинский университетOffice of the Federal Service for the Oversight of Consumer Protection and Welfare for the Primorsky KraiУправление Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека в Приморском краеMedical Association of the Far Eastern Branch of the Russian Academy of SciencesМедицинское объединение Дальневосточного отделения Российской академии наук130320241011193506022024Copyright ©; 2024, Popova A.Y., Shchelkanov M.Y., Krylova N.V., Belik A.A., Semeikina L.M., Zaporozhets T.S., Smolenskiy V.Y., Persianova E.V., Prosyannikova M.N., Belov Y.A., Iunikhina O.V., Pott A.B., Khomichuk T.F., Simakova A.I., Abramova S.A., Romanova O.B., Detkovskaya T.N., Kryzhanovskiy S.P., Besednova N.N.Copyright ©; 2024, Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В., Белик А.А., Семейкина Л.М., Запорожец Т.С., Смоленский В.Ю., Персиянова Е.В., Просянникова М.Н., Белов Ю.А., Иунихина О.В., Потт А.Б., Хомичук Т.Ф., Симакова А.И., Абрамова С.А., Романова О.Б., Детковская Т.Н., Крыжановский С.П., Беседнова Н.Н.2024Popova A.Y., Shchelkanov M.Y., Krylova N.V., Belik A.A., Semeikina L.M., Zaporozhets T.S., Smolenskiy V.Y., Persianova E.V., Prosyannikova M.N., Belov Y.A., Iunikhina O.V., Pott A.B., Khomichuk T.F., Simakova A.I., Abramova S.A., Romanova O.B., Detkovskaya T.N., Kryzhanovskiy S.P., Besednova N.N.Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В., Белик А.А., Семейкина Л.М., Запорожец Т.С., Смоленский В.Ю., Персиянова Е.В., Просянникова М.Н., Белов Ю.А., Иунихина О.В., Потт А.Б., Хомичук Т.Ф., Симакова А.И., Абрамова С.А., Романова О.Б., Детковская Т.Н., Крыжановский С.П., Беседнова Н.Н.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18530

Introduction. The COVID-19 pandemic, etiologically related to SARS-CoV-2, was the longest-lasting pandemic for an acute respiratory disease and had a significant impact on demography, economics and politics globally. Experiences with this pandemic are significant for the sustainable development of human society. A detailed analysis of these experiences in epidemic control should include details of the pathogen evolution down to the regional level.

The aim of the study was to establish the regularities of the COVID-19 epidemic process in connection with the change of the pathogen genetic variants on the territory of Primorsky Krai.

Materials and methods. A retrospective epidemiological analysis of COVID-19 incidence and dynamics of circulation of SARS-CoV-2 genetic variants during the pandemic of this disease (11.03.2020–05.05.2023) in Primorsky Krai was carried out. Data was gathered from the Department of Rospotrebnadzor in Primorsky Krai, the Centre of Hygiene and Epidemiology in Primorsky Krai, as well as the G.P. Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology of the Russian Federation and Russian Platform for Aggregation of Information on Virus Genomes (VGARus). In particular, 1055 nucleotide sequences of full-length SARS-CoV-2 genomes from Primorsky Krai, among which 553 were sequenced at the G.P. Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology were included in analysis.

Results. When analyzing the epidemic dynamics of COVID-19 in Primorsky Krai (2020–2023), 7 rises in incidence with different clinical and epidemiological symptoms depending on the genetic variants of the pathogen were identified. At the beginning of the pandemic in Primorsky Krai, as well as throughout Russia, Wuhan-like variants of SARS-CoV-2 were predominant, though later, Delta and Omicron genetic variants were in the majority. By the end of April — beginning of May 2023, the proportion of Omicron sub-variants (XBB.1.9.2 and XBB.1.16) in Primorsky Krai was higher than the Russian average and comparable to that in neighboring countries (Republic of Korea and Japan).

Conclusion. Due to the ongoing evolution of SARS-CoV-2, the possibility of the emergence of new pathogens, the peculiarities of the geographical location as well as political and economic importance of Primorsky Krai, it is necessary to consistently improve regional capabilities for operational molecular virological monitoring.

Введение. Пандемия COVID-19, этиологически связанная с SARS-CoV-2, стала самой продолжительной для острого респираторного заболевания и оказала заметное воздействие на демографию, экономику и политику в мировом масштабе. Уроки этой пандемии имеют важное значение для устойчивого развития человеческого общества. Подробный анализ приобретённого опыта по контролю эпидемического процесса должен включать детализацию эволюции возбудителя вплоть до регионального уровня.

Цель исследования — установление закономерностей эпидемического процесса COVID-19 в связи со сменой геновариантов возбудителя на территории Приморского края.

Материалы и методы. Проведён ретроспективный эпидемиологический анализ заболеваемости COVID-19 и динамики циркуляции геновариантов SARS-CoV-2 в период пандемии этого заболевания (11.03.2020–05.05.2023) на территории Приморского края. Использованы данные Управления Роспотребнадзора по Приморскому краю, Центра гигиены и эпидемиологии в Приморском крае, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора и Российской платформы агрегации информации о геномах вирусов (VGARus), в частности 1055 нуклеотидных последовательностей полноразмерных геномов SARS-CoV-2 из Приморского края, среди которых 553 были секвенированы в НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова.

Результаты. При анализе эпидемической динамики COVID-19 в Приморском крае (2020–2023 гг.) выделены 7 подъёмов заболеваемости с различными клинико-эпидемиологическими проявлениями в зависимости от геновариантов возбудителя. В начале пандемии в Приморском крае, как и по всей России, доминировали Ухань-подобные варианты SARS-CoV-2, в дальнейшем — геноварианты Delta и Omicron. К концу апреля – началу мая 2023 г. доля субвариантов Omicron (XBB.1.9.2 и XBB.1.16) в Приморском крае была выше, чем в среднем по России, и сопоставима с таковой в сопредельных странах (Республика Корея и Япония).

Заключение. В связи с продолжающейся эволюцией SARS-CoV-2, возможностью появления новых патогенов, особенностями географического расположения и политико-экономического значения Приморского края необходимо последовательно совершенствовать региональные возможности оперативного молекулярно-вирусологического мониторинга.

SARS-CoV-2COVID-19Primorsky Kraidisease incidencewhole genome sequencinggenotypesSARS-CoV-2COVID-19Приморский крайзаболеваемостьполногеномное секвенированиегенотипыНИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова РоспотребнадзораG.P. Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology122041800135-3Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г. и др. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae). Инфекция и иммунитет. 2020;10(2):221–46. Shchelkanov M.Yu., Popova A.Yu., Dedkov V.G., et al. History of investigation and current classification of coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae). Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;10(2):221–46. DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-HOI-1412 EDN: https://elibrary.ru/kziwrqНикифоров В.В., Колобухина Л.В., Сметанина С.В. и др. Новая коронавирусная инфекция (COVID-19): этиология, эпидемиология, клиника, диагностика, лечение и профилактика. М.;2020. Nikiforov V.V., Kolobukhina L.V., Smetanina S.V., et al. Novel Coronavirus Infection (COVID-19): Etiology, Epidemiology, Clinics, Diagnostics, Treatment, and Prophylaxis. Moscow;2020. EDN: https://elibrary.ru/hgqiykЩелканов М.Ю. Этиология COVID-19. В кн.: COVID-19: от этиологии до вакцинопрофилактики. Руководство для врачей. М.;2023:11–53. Shchelkanov M.Yu. Etiology of COVID-19. In: COVID-19: from Etiology to Vaccine Prevention. Guide for Doctors. Moscow;2023:11–53. DOI: https://doi.org/10.33029/9704-7967-4-COV-2023-1-288 EDN: https://elibrary.ru/gegddlШестопалов А.М., Кононова Ю.В., Гаджиев А.А. и др. Биоразнообразие и эпидемический потенциал коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae) рукокрылых. Юг России: экология, развитие. 2020;15(2):17–34. Shestopalov A.M., Kononova Yu.V., Gadzhiev A.A., et al. Biodiversity and epidemic potential of chiropteran coronaviruses (Nidovirales: Coronaviridae). South of Russia: Ecology, Development. 2020;15(2):17–34 DOI: https://doi.org/10.18470/1992-1098-2020-2-17-34 EDN: https://elibrary.ru/csbxlkЩелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Бургасова О.А. и др. COVID-19: этиология, клиника, лечение. Инфекция и иммунитет. 2020;10(3):421–45. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Burgasova O.A., et al. COVID-19: etiology, clinic, treatment. Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;10(3):421–45. DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-CEC-1473 EDN: https://elibrary.ru/imaadbЩелканов М.Ю., Дунаева М.Н., Москвина Т.В. и др. Каталог вирусов рукокрылых (2020). Юг России: экология, развитие. 2020;15(3):6–30. Shchelkanov M.Yu., Dunaeva M.N., Moskvina N.V., et al. Catalog of bat viruses (2020). South of Russia: Ecology, Development. 2020;15(3):6–30. DOI: https://doi.org/10.18470/1992-1098-2020-3-6-30 EDN: https://elibrary.ru/tzqsapЩелканов Е.М., Уколов С.С., Дунаева М.Н. и др. Эхолокация рукокрылых (Chiroptera Blumenbach, 1779) как элемент их экологической пластичности. Юг России: экология, развитие. 2020;15(4):6–20. Shchelkanov E.M., Ukolov S.S., Dunaeva M.N., et al. Echolocation of bats (Chiroptera Blumenbach, 1779) as the element of their ecological plasticity. South of Russia: Ecology, Development. 2020;15(4):6–20. DOI: https://doi.org/10.18470/1992-1098-2020-4-6-20 EDN: https://elibrary.ru/mubjcmЩелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Паукообразные-эктопаразиты рукокрылых. Владивосток;2022. Shchelkanov M.Yu., Tabakaeva T.V., Shchelkanov E.M., et al. Arachnids-Ectoparasites of Chiropterans. Vladivostok;2022. DOI: https://doi.org/10.24866/7444-5377-0 EDN: https://elibrary.ru/ulhbcoЩелканов М.Ю., Табакаева Т.В., Щелканов Е.М. и др. Насекомые-эктопаразиты рукокрылых. Владивосток;2022. Shchelkanov M.Yu., Tabakaeva T.V., Shchelkanov E.M., et al. Insects-Ectoparasites of Chiropterans. Vladivostok;2022. DOI: https://doi.org/10.24866/7444-5404-3 EDN: https://elibrary.ru/wfkcucЩелканов М.Ю., Колобухина Л.В., Львов Д.К. Коронавирусы человека (Nidovirales, Coronaviridae): возросший уровень эпидемической опасности. Лечащий врач. 2013;(10):49–54. Shchelkanov M.Yu., Kolobukhina L.V., Lvov D.K. Human coronaviruses (Nidovirales, Coronaviridae): increased level of epidemic threat. The Practitioner. 2013;(10):49–54. EDN: https://elibrary.ru/takhvrЩелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Ближневосточный респираторный синдром: когда вспыхнет тлеющий очаг? Тихоокеанский медицинский журнал. 2015;(2):94–8. Shchelkanov M.Yu., Ananiev V.Yu., Kuznetsov V.V., Shumatov V.B. Middle East respiratory syndrome: when will smouldering focus outbreak? Pacific Medical Journal. 2015;(2):94–8. EDN: https://elibrary.ru/ulfnffЩелканов М.Ю., Ананьев В.Ю., Кузнецов В.В., Шуматов В.Б. Эпидемическая вспышка Ближневосточного респираторного синдрома в Республике Корея (май–июль 2015 г.): причины, динамика, выводы. Тихоокеанский медицинский журнал. 2015;(3):89–93. Shchelkanov M.Yu., Ananiev V.Yu., Kuznetsov V.V., Shumatov V.B. Epidemic outbreak of MERS in the Republic of Korea (May–July, 20015): reasons, dynamics, conclusions. Pacific Medical Journal. 2015;(3):89–93. EDN: https://elibrary.ru/ulhaerKiselev D., Matsvay A., Abramov I., et al. Current trends in diagnostics of viral infections of unknown etiology. Viruses. 2020;12(2):211. DOI: https://doi.org/10.3390/v12020211 EDN: https://elibrary.ru/tvffroАкимкин В.Г., Семененко Т.А., Углева С.В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник Российской академии медицинских наук. 2022;77(4):254–60. Akimkin V.G., Semeneko T.A., Ugleva S.V., et al. COVID-19 in Russia: epidemiology and molecular genetic monitoring. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):254–60. DOI: https://doi.org/10.15690/vramn2121 EDN: https://elibrary.ru/dozijsГрибова В.В., Окунь Д.Б., Шалфеева Е.А. и др. Облачный сервис для дифференциальной клинической диагностики острых респираторных вирусных заболеваний (в том числе – связанных с особо опасными коронавирусами) методами искусственного интеллекта. Якутский медицинский журнал. 2020;(2):44–7. Gribova V.V., Okun D.B., Shalfeeva E.A., et al. Cloud service for the differential clinical diagnostics of acute respiratory viral diseases (including those associated with highly contagious coronaviruses) with an application of methods of artificial intelligence. Yakut Medical Journal. 2020;(2):44–7. DOI: https://doi.org/10.25789/YMJ.2020.70.13 EDN: https://elibrary.ru/etwrevЛатыпова М.Ф., Цибин А.Н., Комаров А.Г. и др. Организация геномного надзора за SARS-CoV-2 в структуре департамента здравоохранения города Москвы. Проблемы социальной гигиены, здравоохранения и истории медицины. 2022;30(S):1061–6. Latypova M.F., Tsibin A.N., Komarov A.G., et al. Organization of genomic surveillance for SARS-CoV-2 within the Moscow city health department. Problems of Social Hygiene, Public Health and History of Medicine, Russian Journal. 2022;30(S):1061–6. DOI: https://doi.org/10.32687/0869-866X-2022-30-s1-1061-1066 EDN: https://elibrary.ru/mshhnnАкимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: Динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–96. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: Evolution of the pandemic in Russia. Report II: Dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(4):381–96. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 EDN: https://elibrary.ru/kvulasЩелканов М.Ю., Львов Д.Н., Федякина И.Т. и др. Динамика распространения пандемического гриппа А/H1N1 swl на Дальнем Востоке в 2009 г. Вопросы вирусологии. 2010;55(3):10–5. Shchelkanov M.Yu., Lvov D.N., Fedyakina I.T., et al. Trends in the spread of pandemic influenza A(H1N1) swl in the Far East in 2009. Problems in Virology. 2010;55(3):10–5. EDN: https://elibrary.ru/muekizАкимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: Проявления эпидемического процесса COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–96. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Ploskireva A.A., et al. COVID-19: Evolution of the pandemic in Russia. Report I: Manifestation of the COVID-19 epidemic process. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(4):381–96. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 EDN: https://elibrary.ru/zxgtfdShcheglov B.O., Galkina I.V., Lembikov A.O., et al. Rhinolaryngological simulators based on 3D printing open up new opportunities for professional training. Yakut Medical Journal. 2020;(3):58–60. DOI: https://doi.org/10.25789/YMJ.2020.71.16 EDN: https://elibrary.ru/sxnomhЩеглов Б.О., Дунаева М.Н., Баранчугов И.А. и др. Макет дыхательных путей человека. Патент RF 2740727 C1; 2021. Shcheglov B.O., Dunaeva M.N., Baranchugov I.A., et al. Model of human respiratory tract. Patent RF 2740727 C1; 2021. EDN: https://elibrary.ru/hmlszkGonzalez-Recio O., Gutierrez-Rivas M., Peiro-Pastor R., et al. Sequencing of SARS-CoV-2 genome using different nanopore chemistries. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2021;105(8):3225–34. DOI: https://doi.org/10.1007/s00253-021-11250-wBrejova B., Borsova K., Hodorova V., et al. Nanopore sequencing of SARS-CoV-2: Comparison of short and long PCR-tiling amplicon protocols. PLoS One. 2021;16(10):e0259277. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259277Felsenstein J. Inferring Phylogenies. Sunderland, Massachusetts;2003.Крылова Н.В., Иунихина О.В., Федореев С.А. и др. Анти-SARS-CoV-2 активность полифенольного комплекса из Maackia amurensis. Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2023;176(8):216–9. Krylova N.V., Iunikhina O.V., Fedoreev S.A., et al. Anti-SARS-CoV-2 activity of the polyphenol complex from Maackia amurensis. Bulletin of Experimental Biology and Medicine. 2023;176(8):216–9. DOI: https://doi.org/10.47056/0365-9615-2023-176-8-216-219 EDN: https://elibrary.ru/ivgjaeKrylova N.V., Kravchenko A.O., Iunikhina O.V., et al. Influence of the structural features of carrageenans from red algae of the Far Eastern seas on their antiviral properties. Marine Drugs. 2022;20(1):60. DOI: https://doi.org/10.3390/md20010060 EDN: https://elibrary.ru/yuukigЩелканов М.Ю., Сахурия И.Б., Полякова Е.Б. и др. Повышение качества МТТ-метода с помощью микродозаторных наконечников специальной конструкции. Иммунология. 1998;(4):57–9. Shchelkanov M.Yu., Sakhuria I.B., Polyakova E.B., et al. Improvement of the MTT-based assay by modification of pipette tips. Immunology (Moscow). 1998;(4):57–9. EDN: https://elibrary.ru/mpawbjЩелканов М.Ю., Ерёмин В.Ф., Сахурия И.Б. и др. Дегидрогеназная активность инфицированных клеток и биологические свойства различных вариантов ВИЧ-1. Биохимия. 1999;64(4):513–9. Shchelkanov M.Yu., Eremin V.F., Sakhuria I.B., et al. Dehydrogenase activity of infected cells and biological properties of HIV-1 variants. Biochemistry (Moscow). 1999;64(4):431–6. EDN: https://elibrary.ru/lfiuljБейли Н. Математика в биологии и медицине. Пер. с англ. М.;1970. Bailey N. The Mathematical Approach to Biology and Medicine. London-NY-Sydney;1967.Урбах В.Ю. Статистический анализ в биологических и медицинских исследованиях. М.;1975. Urbach V.Yu. Statistical Analysis in Biological and Medical Research. Moscow;1975.Щелканов М.Ю., Пашкова Т.А., Сахурия И.Б. и др. Анализ биологических характеристик первичных изолятов ВИЧ-1 с помощью метода главных компонент. Вопросы вирусологии. 1998;43(3):117–21. Shchelkanov M.Yu., Pashkova T.A., Sakhuria I.B., et al. Analysis of biological characteristics of primary HIV-1 isolates using the main components method. Problems in Virology. 1998;43(3):117–21. EDN: https://elibrary.ru/mqdzqrЩелканов М.Ю., Юдин А.Н., Бурунова В.В. и др. Применение метода главных компонент для анализа эффективности панелей эпитоп-имитирующих пептидов при серотипировании ВИЧ. Иммунология. 1999;20(3):13–8. Shchelka- nov M.Yu., Yudin A.N., Burunova V.V., et al. Application of the basic components method for analysis of effectiveness of epitope-imitating peptides panels in HIV serotyping. Immunology (Moscow). 1999;20(3):13–8. EDN: https://elibrary.ru/yrqiqnTamura T., Ito J., Uriu K., et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. Nat. Commun. 2023;(14):2800. DOI: https://doi.org/10.1038/s41467-023-38435-3Yamasoba D., Uriu K., Plianchaisuk A., et al. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 omicron XBB.1.16 variant. Lancet Infect. Dis. 2023;23(6):655–6. DOI: https://doi.org/10.1016/s1473-3099(23)00278-5WHO. XBB.1.16 Updated Risk Assessment; 05 June 2023. Available at: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/05062023xbb.1.16.pdf?sfvrsn=f1845468_3Lee D.W., Kim J.M., Park A.K., et al. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 Omicron variants in the Republic of Korea. Sci. Rep. 2022;12(1):22414. DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-26803-wKim I.H., No J.S., Kim J.A., et al. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 variants in South Korea between January 2020 and February 2023. Virology. 2023;587:109869. DOI: https://doi.org/10.1016/j.virol.2023.109869Браверман Э.М., Мучник И.Б. Структурные методы обработки эмпирических данных. М.;1983. Braverman E.M., Muchnik I.B. Structural Methods of Empirical Data Processing. Moscow;1983.Basheer A., Zahoor I. Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 divulge B.1, B.1.36, and B.1.1.7 as the most dominant lineages in first, second, and third wave of SARS-CoV-2 infections in Pakistan. Microorganisms. 2021;9(12):2609. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms9122609Goletic T., Konjhodzic R., Fejzic N., et al. Phylogenetic pattern of SARS-CoV-2 from COVID-19 patients from Bosnia and Herzegovina: lessons learned to optimize future molecular and epidemiological approaches. Bosn. J. Basic Med. Sci. 2021;21(4):484–7. DOI: https://doi.org/10.17305/bjbms.2020.5381Menasria T., Aguilera M. Genomic diversity of SARS-CoV-2 in Algeria and North African Countries: What we know so far and what we expect? Microorganisms. 2022;10(2):467. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms10020467Градобоева Е.А., Тюлько Ж.С., Фадеев А.В. и др. Сравнительный анализ разнообразия линий SARS-CoV-2, циркулирующих в Омской области в 2020–2022 годах. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2022;21(6):24–33. Gradoboeva E.A., Tyulko J.S., Fadeev A.V., et al. Comparative analysis of the diversity of SARS-CoV-2 lines circulating in the Omsk region in 2020-2022. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(6):24–33. DOI: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-6-24-33