Introduction. Epstein–Barr virus (EBV) is one of the most common herpesviruses and has a pronounced genetic polymorphism. The study of the phylodynamic characteristics of the virus is an important aspect of the study of evolutionary changes in the LMP-1 gene and their consequences.
The aim of the work was a philodynamic analysis of EBV isolates from Nizhny Novgorod region based on the C-terminal fragment of the LMP-1 gene.
Materials and methods. The study included 158 EBV isolates obtained from blood leukocytes and saliva of children aged 1–17 years with a diagnosis of infectious mononucleosis caused by EBV (n = 68) and apparently healthy children of comparable sex and age (n = 29). LMP-1 genovariants were obtained using the Sanger sequencing method. Comparative analysis of amino acid sequences was performed using the MEGA X program. Philodynamic analysis of the obtained nucleotide sequences and isolates deposited in GenBank was carried out using the BEAST v. 1.10.4 software package. Recombination analysis was performed using the Simplot program.
Results. 158 nucleotide sequences of the C-terminal fragment of the LMP-1 gene from Nizhny Novgorod region EBV isolates were obtained and deposited in the GenBank database. The circulation time of the nearest common ancestor for the modified B95-8 genovariants with G212S + E328Q + S366T and NC mutations with the D250N substitution has been established dating back to 1994 and 1923. The rate of evolution of these genovariants was the highest and amounted to 1.298 × 10–4 and 7.868 × 10–4 nucleotide substitutions/site/year. Recombinations were detected in the Nizhny Novgorod region sequences Med-, B95-8, China 1 with mutations G212S, G212S, E214Q, respectively.
Conclusion. For the first time, a phylodynamic characterization of Nizhny Novgorod region isolates and LMP-1 EBV genovariants isolated in various regions of the world is given. The data obtained expand the existing understanding of the circulation of EBV LMP-1 genovariants in the territory of the European part of Russia.
Введение. Вирус Эпштейна–Барр (ВЭБ) относится к числу самых распространённых герпесвирусов и обладает выраженным генетическим полиморфизмом. Изучение филодинамических характеристик вируса является важным аспектом исследования эволюционных изменений гена LMP-1 и их последствий.
Цель — филодинамический анализ нижегородских изолятов ВЭБ на основе C-концевого фрагмента гена LMP-1.
Материалы и методы. В исследование были включены 158 изолятов ВЭБ, полученных из лейкоцитов крови и слюны детей 1–17 лет с диагнозом «инфекционный мононуклеоз, вызванный ВЭБ» (n = 68) и условно здоровых детей сопоставимого пола и возраста (n = 29). Геноварианты LMP-1 были получены с помощью метода секвенирования по Сэнгеру. Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей проводили в программе «MEGA X», филодинамический анализ полученных нуклеотидных последовательностей и изолятов, депонированных в GenBank, — в пакете программ «BEAST v. 1.10.4», рекомбинационный анализ — в программе «Simplot».
Результаты. Получены и депонированы в базу данных GenBank 158 нуклеотидных последовательностей С-концевого фрагмента гена LMP-1 нижегородских изолятов ВЭБ. Установлено время циркуляции ближайшего общего предка для модифицированных геновариантов B95-8 с мутациями G212S + E328Q + S366T и NC с заменой D250N, датируемое 1994 и 1923 гг. Скорость эволюции данных геновариантов была наиболее высокой и составила 1,298 × 10–4 и 7,868 × 10–4 нуклеотидных замен/сайт/год. Выявлены рекомбинации в нижегородских последовательностях Med–, B95-8, China 1 с мутациями G212S, G212S, Е214Q соответственно.
Заключение. Впервые дана филодинамическая характеристика нижегородских изолятов и геновариантов LMP-1 ВЭБ, изолированных в разных регионах мира. Полученные данные расширяют существующие представления о циркуляции геновариантов LMP-1 ВЭБ на территории европейской части России.