Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology1848010.36233/0372-9311-376tieiocORIGINAL RESEARCHESОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯResearch ArticleMonitoring of respiratory viral infections in Moscow during 2011–2022Мониторинг респираторных вирусных инфекций в 2011–2022 годах в Москвеhttps://orcid.org/0000-0003-1902-5278VetrovaElizaveta N.ВетроваЕлизавета Николаевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of immunology, National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. Gamaleya

н.с. лаб. иммунологии Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи

immunol.lab@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1290-4042ChernyshovaAlyona I.ЧернышоваАлёна Игоревна
Russian Federation

researcher, Laboratory of immunology, National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. Gamaleya

н.с. лаб. иммунологии Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи

immunol.lab@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3418-2394PritchinaTatiana N.ПритчинаТатьяна Николаевна
Russian Federation

researcher, Laboratory of immunology, National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. Gamaleya

н.с. лаб. иммунологии Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи

immunol.lab@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2523-0692IsaevaElena I.ИсаеваЕлена Ивановна
Russian Federation

Cand. Sci. (Biol.), leading researcher, Laboratory of immunology, National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. Gamaleya

к.б.н., в.н. с. лаб. иммунологии НИЦ эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи

jmei@crie.ruhttps://orcid.org/0000-0001-9630-0777MorozovaOlga V.МорозоваОльга Владимировна
Russian Federation

D. Sci. (Biol.), senior researcher, Laboratory of immunology, National Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. Gamaleya, Moscow, Russia; leading researcher, Laboratory of medical nanotechnology, Federal Research and Clinical Center of Physical-Chemical Medicine

д.б.н., с.н.с. лаб. иммунологии Национального исследовательского центра эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. Гамалеи, Москва, Россия; в.н.с. лаб. медицинских нанотехнологий ФГКЦ физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина

immunol.lab@mail.ruNational Research Center of Epidemiology and Microbiology named after N.F. GamaleyaНациональный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. Н.Ф. ГамалеиFederal Research and Clinical Center of Physical-Chemical MedicineФедеральный научно-клинический центр физико-химической медицины им. Ю.М. Лопухина22112023100532833720112023Copyright ©; 2023, Vetrova E.N., Chernyshova A.I., Pritchina T.N., Morozova O.V.Copyright ©; 2023, Ветрова Е.Н., Чернышова А.И., Притчина Т.Н., Морозова О.В.2023Vetrova E.N., Chernyshova A.I., Pritchina T.N., Morozova O.V.Ветрова Е.Н., Чернышова А.И., Притчина Т.Н., Морозова О.В.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/18480

Introduction. Respiratory viruses (RV) circulate throughout the world and in all seasons of the year. Long-term monitoring of the distribution of respiratory pathogens is necessary to analyze the relevance of diagnostic systems to current viral isolates, to assess the risks of infection and the need for vaccine development and use, as well as to investigate the interdependence of RV reproduction in mixed infections.

Objective — to study the causative agents of acute respiratory viral infections (ARVI) in Moscow during 2011–2022 by reverse transcription with subsequent polymerase chain reaction with fluorescent hydrolysis probes detection in real-time (RT2-PCR).

Materials and Methods. Nasopharyngeal swabs from 3908 patients with acute respiratory infections were examined by the RT2-PCR.

Results. Monitoring of RV spread in Moscow showed cyclical changes in frequencies with three dominant species: influenza A virus (up to 31.3%), respiratory syncytial virus (up to 24.8%) and human rhinoviruses (up to 21.3%) in 2011–2020. The increase in the portion of unidentified clinical specimens from 1.2 to 28.5% in 2022 indicated incomplete accordance of diagnostic systems to modern RV isolates or the emergence of new species or strains of pathogens. Unidirectional changes in dynamics were registered for 5 out of 9 studied RVs with correlation coefficients of 0.43–0.79. High frequencies of mixed acute respiratory viral infections (up to 33.4%) along with unidentified samples do not allow us to accurately assess the risks of infection with various RV in Moscow, but prove the necessity of preventing infectious diseases with the most common RV.

Conclusion. Analysis of the dynamics of RV frequencies in Moscow showed the preservation of the dominant species: influenza A virus, respiratory syncytial virus and human rhinoviruses. During the period of vaccination against COVID-19, the proportion of seasonal coronaviruses increased.

Введение. Респираторные вирусы (РВ) циркулируют повсеместно и круглогодично. Долговременный мониторинг распространения возбудителей респираторных инфекций необходим для анализа соответствия диагностических систем современным вирусным изолятам, оценки рисков инфицирования и необходимости разработки и применения вакцин, а также для исследования взаимозависимости репродукции РВ при смешанных инфекциях.

Цель работы — исследование возбудителей острых респираторных вирусных инфекций (ОРВИ) в Москве в 2011–2022 гг. с помощью обратной транскрипции с последующей полимеразной цепной реакцией с гибридизационно-флуоресцентной детекцией продуктов в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ).

Материалы и методы. Мазки носоглотки 3908 пациентов с ОРВИ исследованы с помощью ОТ-ПЦР-РВ.

Результаты. Мониторинг распространения РВ в Москве показал циклические изменения частот с тремя доминирующими видами: вирусом гриппа А (до 31,3%), респираторно-синцитиальным вирусом (до 24,8%) и риновирусами человека (до 21,3%) в 2011–2020 гг., которые соответствовали данным из других регионов России и мировым тенденциям, и высокие частоты встречаемости SARS-CoV-2 (31,7%) в 2022 г. Рост доли неидентифицированных клинических образцов от 1,2 до 28,5% в 2022 г. свидетельствует о неполном соответствии диагностических систем современным изолятам РВ или о появлении новых видов или штаммов возбудителей. Зарегистрированы однонаправленные изменения динамики для 5 из 9 изучаемых РВ с коэффициентами корреляции 0,43–0,79. Высокие частоты смешанных ОРВИ (до 33,4%) наряду с неидентифицированными образцами не позволяют точно оценить риски инфицирования различными РВ в Москве, однако доказывают необходимость профилактики инфекционных заболеваний наиболее распространёнными РВ.

Заключение. Анализ динамики частот распространения РВ в Москве показал сохранение доминирующих видов: вируса гриппа А, респираторно-синцитиального вируса и риновирусов человека. В период вакцинации против COVID-19 увеличилась доля сезонных коронавирусов.

respiratory virusesreverse transcription with real-time PCRhuman respiratory syncytial virus (hRSv)human metapneumovirus (hMpv)human parainfluenza viruses types 1, 2, 3 and 4 (hPiv)human seasonal coronaviruses (hCov) and SARS-CoV-2human rhinoviruses (hRv)human adenoviruses of groups B, C and E (hAdv)human bocavirus (hBov)influenza A (INF-A) and B (INF-B) virusesреспираторные вирусыобратная транскрипция с ПЦР в реальном времениреспираторно-синцитиальный вирус (hRSv)метапневмовирус (hMpv)вирусы парагриппа 1, 2, 3 и 4-го типов (hPiv)сезонные коронавирусы (hCov) и SARS-CoV-2, риновирусы человека (hRv)аденовирусы групп B, C и E (hAdv)бокавирус человека (hBov)вирусы гриппа А (INF-A) и В (INF-B)WHO. World Health Organization fact sheet: Influenza (Seasonal). Geneva; 2021.Львов Н.И., Лихопоенко В.П. Острые респираторные заболевания. Руководство по инфекционным болезням. СПб.;2011:7–122. L'vov N.I., Likhopoenko V.P. Acute Respiratory Diseases. Guide to Infectious Diseases. St. Petersburg;2011:7–122.Государственный доклад «О санитарно-эпидемиологической обстановке в Российской Федерации в 2010 году». М.; 2011.Waghmode R., Jadhav S., Nema V. The burden of respiratory viruses and their prevalence in different geographical regions of India: 1970–2020. Front. Microbiol. 2021;12:723850. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.723850Шахтахтинская Ф.Ч., Намазова–Баранова Л.С., Федосеенко М.В., Калюжная Т.А. Актуальные вопросы вакцинопрофилактики гриппа. Вопросы современной педиатрии. 2021;20(4):333–7. Shakhtakhtinskaya F.CH., Namazova-Baranova L.S., Fedoseenko M.V., Kaliuzhnaia T.A. Topical issues of influenza vaccine prevention. Current Pediatrics. 2021;20(4):333–7. DOI: https://doi.org/10.15690/vsp.v20i4.2291 EDN: https://elibrary.ru/iyloizШахтахтинская Ф.Ч., Намазова–Баранова Л.С., Федосеенко М.В., Калюжная Т.А. Актуальные вопросы вакцинопрофилактики гриппа. Вопросы современной педиатрии. 2021;20(4):333–7. Shakhtakhtinskaya F.CH., Namazova-Baranova L.S., Fedoseenko M.V., Kaliuzhnaia T.A. Topical issues of influenza vaccine prevention. Current Pediatrics. 2021;20(4): 333–7. DOI: https://doi.org/10.15690/vsp.v20i4.2291 EDN: https://elibrary.ru/iyloizГладких Р.А., Молочный В.П., Бутакова Л.В. и др. Клинико–этиологическая характеристика острых респираторных вирусных инфекций у госпитализированных детей города Хабаровска в эпидемических сезонах 2014–2017 гг. Детские инфекции. 2018;17(2):6–14. Gladkikh R.A., Molochny V.P., Butakovа L.V., et al. Clinical and etiological characteristics of acute respiratory viral infections in hospitalized children of the city of Khabarovsk in epidemic seasons 2014–2017. Children infections. 2018;17(2):6–14. DOI: https://doi.org/10.22627/2072-8107-2018-17-2-6-14 EDN: https://elibrary.ru/xrftetЛьвов Д.К. Рождение и развитие вирусологии — история изучения новых и возвращающихся вирусных инфекций. Вопросы вирусологии. 2012;(S1):5–20. Lvov D.K. Birth and development of virology — the history of emerging-reemerging viral infection investigation. Problems of Virology. 2012;(S1):5–20. EDN: https://elibrary.ru/qjanrjЖелезникова Г.Ф. Инфекция и иммунитет: стратегии обеих сторон. Медицинская иммунология. 2006;8(5–6):597–614. Zheleznikova G.F. Infection and immunity: strategies from both sides. Medical Immunology. 2006;8(5–6):597–614. DOI: https://doi.org/10.15789/1563-0625-2006-5-6-597-614 EDN: https://elibrary.ru/iixjnxНосуля Е.В. Острая респираторно-вирусная инфекция — сложности диагностики и лечения. Медицинский совет. 2013;(3–2):20–6. Nosulya E.V. Acute respiratory viral infection: challenges of diagnosis and treatment. Medical Council. 2013;(3–2):20–6. EDN: https://elibrary.ru/rveqhjЛазарева Н.Б., Журавлева М.В., Пантелеева Л.Р. ОРВИ: рациональная фармакотерапия с позиции клинической фармакологии. Медицинский Совет. 2016;(4):68–73. Lazareva N.B., Zhuravleva M.V., Panteleeva L.R. ARVI: Rational pharmacotherapy from the standpoint of clinical pharmacology. Medical Council. 2016;(4):68–73. DOI: https://doi.org/10.21518/2079-701X-2016-4-68-73 EDN: https://elibrary.ru/rjoikdAvolio M., Venturini S., De Rosa R., et al. Epidemiology of respiratory virus before and during COVID-19 pandemic. Infez. Med. 2022;30(1):104–8. DOI: https://doi.org/10.53854/liim-3001-12Реброва О.Ю. Статистический анализ медицинских данных. Применение пакета прикладных программ STATISTICA. М.; 2000. Rebrova O.Yu. Statistical Analysis of Medical Data. Application of the Package of Applied Programs STATISTICA. Moscow; 2000.Жигарловский Б.А. Эпидемиологическая характеристика и оптимизация эпидемиологического надзора за гриппом и ОРВИ: Автореф. дисс. … канд. мед. наук. М.; 2019. Zhigarlovsky B.A. Epidemiological characteristics and optimization of epidemiological surveillance of influenza and SARS: Diss. Moscow; 2019.Писарева М.М., Едер В.А., Бузицкая Ж.В. и др. Этиологическая структура гриппа и других ОРВИ в Санкт-Петербурге в эпидемические сезоны 2012–2016 гг. Вопросы вирусологии. 2018;63(5):233–9. Pisareva M.M., Eder V.A., Buzitskaya Zh.V., et al. Etiological structure of influenza and other ARVI in St. Petersburg during epidemic seasons 2012–2016. Problems of Virology. 2018;63(5):233–9. DOI: http://doi.org/10.18821/0507-4088-2018-63-5-233-239 EDN: https://elibrary.ru/sllvnjHoremheb-Rubio G., Eggeling R., Schmeiβer N., et al. Respiratory viruses dynamics and interactions: ten years of surveillance in Central Europe. BMC Public Health. 2022;22(1):1167. DOI: https://doi.org/10.1186/s12889-022-13555-5Готвянская Т.П., Мукашева Е.А., Ноздрачева А.В. и др. Заболеваемость и популяционный иммунитет к гриппу и ОРВИ в условиях пандемии COVID–19. Санитарный врач. 2023;(3):153–63. Gotvyanskaya T.P., Mukasheva E.A., Nozdracheva A.V., et al. Incidence and population immunity to influenza and ARVI in the context of the COVID-19 pandemic. Sanitary Doctor. 2023;(3):153–63. DOI: https://doi.org/10.33920/med-08-2303-03Заплатников А.Л., Гирина А.А., Бурцева Е.И., Свинцицкая В.И. Вакцинация против сезонного гриппа и пандемия COVID-19: не упустить последнюю возможность. Медицинское обозрение. 2020;4(11):687–90. Zaplatnikov A.L., Garina A.A., Burtseva E.I., Svinitskaya V.I. Seasonal flu shot and the COVID-19 pandemic: don’t miss the last chance. Russian Medical Inquiry. 2020;4(11):687–90. DOI: https://doi.org/10.32364/2587-6821-2020-4-11-687-690 EDN: https://elibrary.ru/ybtptyКривицкая В.З., Кузнецова Е.В., Майорова В.Г. и др. Влияние вакцинации против гриппа на уровень специфического гуморального иммунитета здоровых лиц. Инфекция и иммунитет. 2022;12(1):127–41. Krivitskaya V.Z., Kuznecova E.V., Maiorova V.G., et al. Influenza vaccination influencing level of specific humoral immunity in healthy individuals. Russian Journal of Infection and Immunity. 2022;12(1):127–41. DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-IVI-1750 EDN: https://elibrary.ru/kkhkqdЛьвов Д.К., ред. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.; 2013. Lvov D.K., ed. Viruses and Viral Infections of Humans and Animals. Moscow; 2013.Hamamoto I., Shimasaki N. The importance of monitoring viral respiratory infections during the COVID-19 crisis. J. Disaster Res. 2022;17(1):73–81. DOI: https://doi.org/10.20965/jdr.2022.p0073Яцышина С.Б., Мамошина М.В., Елькина М.А. и др. Распространённость возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у лиц без симптомов респираторной инфекции. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021;98(4):383–96. Yatsyshina S.B., Mamoshina M.V., Elkina M.A., et al. Prevalence of ARVI, Influenza, and COVID-19 pathogens in individuals without symptoms of respiratory infection. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2021;98(4):383–96. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311–152 EDN: https://elibrary.ru/skidigМамошина М.В., Яцышина С.Б., Акимкин В.Г. Анализ результатов мониторинга возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у бессимптомных лиц. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2023;(2):63–9. Mamoshina M.V., Yatsyshina S.B., Akimkin V.G. Analysis of the results of monitoring the pathogens of acute respiratory viral infection, influenza, and COVID-19 in asymptomatic individuals. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items. 2023;(2):63–9. DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2023.13.2.63-9Мамошина М.В., Яцышина С.Б., Акимкин В.Г. Анализ результатов мониторинга возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у бессимптомных лиц. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2023;(2):63–9. Mamoshina M.V., Yatsyshina S.B., Akimkin V.G. Analysis of the results of monitoring the pathogens of acute respiratory viral infection, influenza, and COVID-19 in asymptomatic individuals. Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items. 2023; (2):63–9. DOI: https://doi.org/10.18565/epidem.2023.13.2.63-9Gradisteanu Pircalabioru G., Iliescu F.S., Mihaescu G., et al. Advances in the rapid diagnostic of viral respiratory tract infections. Front. Cell Infect. Microbiol. 2022;12:807253. DOI: https://doi.org/10.3389/fcimb.2022.807253Гирина А.А., Заплатников А.Л., Бурцева Е.И. и др. Иммунопрофилактика гриппа, острых и рекуррентных респираторных инфекций в период пандемии COVID-19. Медицинский Совет. 2021;(17):111–20. Girina A.A., Zaplatnikov A.L., Burtseva E.I., et al. Immunoprophylaxis of influenza, acute and recurrent respiratory infections during the COVID-19 pandemic. Medical Council. 2021;(17):111–20. DOI: https://doi.org/10.21518/2079-701X-2021-17-111-120 EDN: https://elibrary.ru/tqaabmFischer H., Tschachler E., Eckhart L. Pangolins lack IFIH1/MDA5, a cytoplasmic RNA sensor that initiates innate immune defense upon coronavirus infection. Front. Immunol. 2020;11:939. DOI: https://doi.org/10.3389/fimmu.2020.00939Bakhvalova V.N., Panov V.V., Morozova O.V. Tick-Borne encephalitis virus quasispecies rearrangements in ticks and mammals. In: Růžek D., ed. Flavivirus Encephalitis. InTech; 2011. DOI: https://doi.org/10.5772/20744Yadana S., Coleman K.K., Nguyen T.T., et al. Monitoring for airborne respiratory viruses in a general pediatric ward in Singapore. J. Public Health Res. 2019;8(3):1407. DOI: https://doi.org/10.4081/jphr.2019.1407