Introduction. Varicella-zoster virus (VZV), the causative agent of the disease of the same name and herpes zoster, is phylogenetically divided into 8 clades, the distribution of which is characterized by geographic reference to certain regions of the world. For most countries, VZV clades circulating in their territories have been identified, however, such information is almost unavailable for Russia.
The purpose of the study is to develop an effective method for VZV typing using high-throughput sequencing technologies to identify the prevalence of various VZV clades in Moscow, Moscow Region, and Stavropol Territory.
Materials and methods. To genotype VZV, it is enough to refer to 7 nucleotide positions. Their unique combinations can be used to assign the virus to one of the clades. Short sections of nucleotide sequences of open reading frames were obtained using a developed set of primers.
Results. A VZV genotyping technique has been developed and optimized. Using this technique, primary data on the distribution of VZV clades in the studied regions have been obtained. Thus, it has been established that in Moscow and a number of other regions, the 1st, 3rd, and 5th clades of VZV are predominantly distributed.
Conclusion. The developed technique, including a primer panel and a genotyping algorithm, allows VZV typing in a short time while reducing specimen preparation costs and simultaneously increasing the number of specimens in one sequencing cycle. The results obtained using this assay allow us to assume that in Moscow, Moscow Region, Stavropol Territory, VZV, clades 1, 3, and 5 are the most represented ones. To confirm this hypothesis, it is necessary to include a larger number of clinical specimens in subsequent studies, including from other regions of the country.
Введение. Вирус ветряной оспы (VZV) — возбудитель одноимённого заболевания и опоясывающего лишая, филогенетически подразделяется на 8 клад, для распространения которых характерна географическая привязка к тем или иным регионам мира. Для большинства стран установлены циркулирующие на их территориях клады VZV, однако для России аналогичная информация практически отсутствует.
Цель исследования — разработка эффективной методики типирования VZV с использованием технологий высокопроизводительного секвенирования для выявления распространённости различных клад VZV в Москве, Московской области и Ставропольском крае.
Материалы и методы. Для генотипирования VZV достаточно задействовать 7 нуклеотидных позиций, по уникальным сочетаниям которых возможно отнести вирус к одной из клад. Короткие участки нуклеотидных последовательностей открытых рамок считывания получали при помощи разработанного набора праймеров.
Результаты. Разработана и оптимизирована методика генотипирования VZV. При помощи данной методики получены первичные данные о распределении клад VZV в исследуемых регионах. Таким образом, было установлено, что в Москве и ряде других регионов распространены преимущественно 1, 3 и 5-я клады VZV.
Заключение. Разработанная методика, включающая праймерную панель и алгоритм генотипирования, позволяет произвести типирование VZV в короткие сроки при снижении затрат на пробоподготовку и одновременном увеличении количества образцов в одном цикле секвенирования. Результаты, полученные с использованием данного протокола, позволяют сделать предположение о том, что в Москве, Московской области и Ставропольском крае наибольшую представленность имеют клады 1, 3 и 5 VZV. Для подтверждения данной гипотезы требуется включить в последующие исследования большее количество клинических образцов, в том числе из других регионов страны.