Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiologyЖурнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology13296ArticlesСтатьиResearch ArticleUSE OF MULTIPLEX PCR METHOD WITH REAL-TIME DETECTION FOR DIFFERENTIAL DIAGNOSIS OF RESPIRATORY VIRAL INFECTIONSПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ПЦР С ДЕТЕКЦИЕЙ В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ ДЛЯ ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНОЙ ДИАГНОСТИКИ РЕСПИРАТОРНЫХ ВИРУСНЫХ ИНФЕКЦИЙNikonovaA. AНиконоваА. АUspenskayaE. SУспенскаяЕ. СLobodanovS. AЛободановС. АOksanichA. SОксаничА. СGorbalenyaA. EГорбаленяА. ЕEricC. J.ClaaFoshinaE. PФошинаЕ. ПKairaA. NКаираА. НZverevV. VЗверевВ. ВFayzuloevE. BФайзулоевЕ. БMechnikov Research Institute of Vaccines and Sera, MoscowНИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова, МоскваCenter of Hygiene and Epidemiology in Moscow region, Mytishchi, RussiaЦентр гигиены и эпидемиологии в Московской области, МытищиMedical Center of Leiden University, NetherlandsМедицинский центр Лейденского университета, Нидерланды15022009861NO1 (2009)№1 (2009)677009062023Copyright ©; 2009, Nikonova A.A., Uspenskaya E.S., Lobodanov S.A., Oksanich A.S., Gorbalenya A.E., Eric C.J., Foshina E.P., Kaira A.N., Zverev V.V., Fayzuloev E.B.Copyright ©; 2009, Никонова А.А., Успенская Е.С., Лободанов С.А., Оксанич А.С., Горбаленя А.Е., Eric C.J., Фошина Е.П., Каира А.Н., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б.2009Nikonova A.A., Uspenskaya E.S., Lobodanov S.A., Oksanich A.S., Gorbalenya A.E., Eric C.J., Foshina E.P., Kaira A.N., Zverev V.V., Fayzuloev E.B.Никонова А.А., Успенская Е.С., Лободанов С.А., Оксанич А.С., Горбаленя А.Е., Eric C.J., Фошина Е.П., Каира А.Н., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б.https://creativecommons.org/licenses/by/4.0https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/13296

Multiplex real-time polymerase chain reaction test-system with fluorescent detection (RT-PCR) for simultaneous identification of main agents of acute respiratory viral infections: influenza A (IAV) and B viruses (IBV), parainfluenza viruses types 1, 2, 3, 4 (PIV 1 — 4), adenoviruses (ADV), respiratory syncitial virus (RSV), rhinoviruses (RV) and enteroviruses (EV), in presence internal positive control (IPC) represented by vaccine strain of rubella virus RA 27/3. Using multiplex RT-PCR method, respiratory viruses were detected in 116 out of 226 clinical samples (nasal swabs) obtained from patients with symptoms of acute respiratory infection: in 68 (58.6%) samples — IBV; in 21 (18.1%) — IAV; in 12 (10.3%) — RV; in 6 (5.2%) — PIV 2; in 4 — (3.4%) ADV; in 3 (2.6%) — RSV; in 2 (1.7%) — EV; in 2 (1.7%) — PIV 4; in 1 (0.9%) — PIV 3; in 1 (0.9%) — PIV 1. Mixed infection was observed in 4 (3.4%) patients. PCR assay allowed to reveal various respiratory viruses in 51.3% of samples. At the same time samples were tested for the presence of 12 respiratory viruses — IAV, IBV, PIV 1 — 4, RSV, RV, metapneumoviruses, and coronaviruses NL63, 229E and OC43 — in the presence of IPC represented by equine arteritis virus using analogous PCR test-system provided by medical center of Leiden university. Results of tests for detection of IAV, IBV, RSV, PIV 1 — 4, and RV, analyzed by both systems, agreed in 94%. Multiplex format of RT-PCR performing significantly reduces time and cost of the test, which make it suitable and effective instrument of epidemiological studies.

Разработана мультиплексная ПЦР тестсистема с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ) для одновременного выявления в клинических образцах основных возбудителей ОРВИ: вирусов гриппа А (ВГА) и В (ВГВ), парагриппа 1, 2, 3, 4 типов (ВПГ 1 — 4), аденовирусов (АДВ), респираторно-синцитиального вируса (РСВ), риновирусов (РВ) и энтеровирусов (ЭВ) в присутствии внутреннего положительного контроля (ВПК), представленного вакцинным штаммом вируса краснухи RA 27/3. Методом мультиплексной ПЦР-РВ в 116 из 226 клинических образцов (мазки из полости носа) от больных с симптомами ОРВИ были выявлены респираторные вирусы: в 68 (58,6%) ВГВ; в 21 (18,1%) ВГА; в 12 (10,3%) РВ; в 6 (5,2%) ВПГ 2; в 4 (3,4%) АДВ; в 3 (2,6%) РСВ; в 2 (1,7%) ЭВ; в 2 (1,7%) ВПГ 4; в 1 (0,9%) ВПГ 3; в 1 (0,9%) ВПГ 1. У 4 (3,4%) пациентов была выявлена смешанная инфекция. ПЦР-анализ позволил выявить различные респираторные вирусы в 51,3% образцов. Параллельно образцы анализировали на наличие 12 респираторных вирусов — ВГА, ВГБ, ВПГ 1—4 РСВ, РВ, метапневмовируса и коронавирусов NL63, 229E и OC43 в присутствии ВПК, представленного вирусом артериита лошадей, при помощи аналогичной ПЦР-тест-системы, переданной из медицинского центра Лейденского университета. Результаты выявления вирусов: ВГБ, ВГА, РСВ, ВПГ 1—4 и РВ, анализированных обеими системами, совпали в 94%. Мультиплексный формат постановки ПЦР-РВ значительно сокращает время и стоимость анализа, что делает его удобным и эффективным инструментом эпидемиологических исследований.

multiplex real-time PCRrespiratory virusesdiagnosticsмультиплексная ПЦР в режиме реального времениреспираторные вирусыдиагностикаСлепушкин А. Н. Современные особенности эпидемиологии и профилактики гриппа. Журн. микробиол. 2001, 1: 95—99.Яцышина С.Б., Шипулин Г.А. Совершенствование лабораторной диагностики гриппа и ОРЗ. В: В.И. Покровский, Д.К. Львов, О.И. Киселев и др. (ред.). Грипп и гриппоподобные инфекции. СПб, Роза мира, 2008, с. 43—49.Christine C. Detection of respiratory viruses using non-molecular based methods. J. Clin. Virol. 2007, 40 (1): 11—14.Freymuth F., Vabret A., Cuvillon-Nimal D. et al. Comparison of multiplex PCR assays and con- ventional techniques for the diagnostic of respiratory virus infections in children admitted to hospital with an acute respiratory illness. J.Med. Virol. 2006, 78: 1498—1504.Ieven M. Currently used nucleic acid amplification tests for the detection of viruses and atypicals in acute respiratory infections. J. Clin. Virol. 2007, 40: 259—276.Kesson A. Respiratory virus infections. Paediatr. Respirat. Rev. 2007, 8: 240—248.Robin B., Sandra N., Sigvard O. et al. Multiplex real-time PCR for detection of respiratory tract infections. J.Clin. Virol. 2008, 41: 53—56.Templeton K.E., Scheltinga S.A., Mattihias F.C. et al. Rapid and sensitive diagnosis of influenza A, influenza B, respiratory syncytial viruses 1, 2, and 4 infections by multiplex real-time PCR. J. Clin. Microbiol. 2004, 42: 1564—1569.WHO. Weekly Epidemiol. Rec. 2008, 83: 1—192.