Journal of microbiology, epidemiology and immunobiologyJournal of microbiology, epidemiology and immunobiology0372-93112686-7613Central Research Institute for Epidemiology114210.36233/0372-9311-170UnknownPhenotypic profile of priority multiresistant Аcinetobacter baumannii sequence types (ST 1167, ST 944, ST 208)FedotovaO. S.<p>Olga S. Fedotova - senior researcher, Head, Cell culture laboratory, Ekaterinburg Research Institute of Viral Infections</p><p>Yekaterinburg</p>fake@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1928-8211ZakharovaYu. A.<p>Yulia A. Zakharova - D. Sci. (Med.), Associate Professor, Deputy director for academic affairs, chief researcher, Ekaterinburg Research Institute of Viral Infections</p><p>Yekaterinburg</p>zakharova_ya@eniivi.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3416-0902OstapchukA. V.<p>Anna V. Ostapchuk - Master of science, Ural Federal State University named after the first President of Russia B.N. Yeltsin</p><p>Yekaterinburg</p>fake@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8157-6866BazhanovaU. A.<p>Uliana A. Bazhanova - Head, Reference laboratory</p><p>Yekaterinburg</p>fake@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1730-0013ZakharovA. A.<p>Alexandr A. Zakharov - Master of science</p><p>Moscow</p>fake@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-8573-0939Ekaterinburg Research Institute of Viral Infections, State Research Center of Virology and Biotechnology “Vector”D. Mendeleev University of Chemical Technology of Russia100120229866396470901202209012022Copyright © 2022, Fedotova O.S., Zakharova Y.A., Ostapchuk A.V., Bazhanova U.A., Zakharov A.A.2022<p><strong>Introduction</strong>. About 1,000,000 cases of infections caused by Acinetobacter spp. per year are registered globally, making up 1.8% of all the cases of hospital-acquired infections. In compliance with long-term studies carried out in in this country and abroad, Acinetobacter baumannii is a clinically important representative of the Acinetobacter genus. Intraspecific typing of microorganisms is an integral part of a clinical microbiologist's contribution to scoring the outbreaks of purulent-septic infections within the sphere of HAI surveillance. Most of the practicing microbiological laboratories cannot use genotypic typing methods because of their high costs.<br /><strong>Objective</strong>. Developing a test panel for intraspecific identification of A. baumannii sequence types (ST 1167, ST 944, ST 208) based on their phenotypic properties.<br /><strong>Materials and methods</strong>. Intraspecific membership of 74 A. baumannii strains obtained from four multipurpose health settings of a large industrial centre was studied using a genetic method (multilocus sequence typing) and a suite of phenotypic methods (biochemical tests, biofilmogenous capacity, growth inhibition zones to antibacterial drugs, sensitivity to aniline dyes, disinfectants and Acinetobacter bacteriophage) was studied.<br /><strong>Results</strong>. Phenotypic features of three predominant A. baumannii sequence types (ST 1167, 944, 208) were determined.<br /><strong>Discussion</strong>. An efficacious economy set of differentiating tests allowing identification of intraspecific features of A. baumannii multiresistant strains was сreated.<br /><strong>Conclusion</strong>. The test panel will enable the laboratories that cannot use sequencing methods to conduct intraspecific differentiation of common A. baumannii sequence types as part of microbiological monitoring.</p>Acinetobacter baumanniiintraspecific characteristictypingphenotypic propertiessequence typeAcinetobacter baumanniiвнутривидовая характеристикатипированиефенотипические свойствасиквенс-тип[1. Захарова Ю.А., Фельдблюм И.В. Стандартное эпидемиологическое определение внутрибольничного штамма (эковара) лечебно-профилактического учреждения. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2008; (6): 19–23.][2. Коза Н.М. Инфекции, связанные с оказанием медицинской помощи. Эпидемиология и профилактика (обзорная лекция). Пермский медицинский журнал. 2013; 30(4): 135–43.][3. Онищенко Г.Г. Заболеваемость внутрибольничными инфекциями в Российской Федерации. Гигиена и санитария. 2008; 87(3): 1–6.][4. Покровский В.И., Акимкин В.Г., Брико Н.И., Брусина Е.Б., Захарова Ю.А., Зуева Л.П. и др. Пути совершенствования лабораторной диагностики инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи. Медицинский альманах. 2012; (2): 12–6.][5. Потехина Н.Н., Рахманов Р.С., Пискарев Ю.Г., Гришин Д.Б., Орлов Е.В. Организация эпидемиологического надзора за антибиотикорезистентностью возбудителей гнойно-септической инфекции в условиях поликлиники. Здоровье населения и среда обитания. 2014; (11): 49–50.][6. Labarca J.A., Salles M.J., Seas C., Guzmán-Blanco M. Carbapenem resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii in the nosocomial setting in Latin America. Crit. Rev. Microbiol. 2016; 42(2): 276–92. https://doi.org/10.3109/1040841x.2014.940494][7. MacVane S.H. Antimicrobial resistance in the intensive care unit: a focus on gram-negative bacterial infections. J. Intensive Care Med. 2017; 32(1): 25–37. https://doi.org/10.1177/0885066615619895][8. Spellberg B., Rex J.H. The value of single-pathogen antibacterial agents. Nat. Rev. Drug. Discov. 2013; 12(12): 963. https://doi.org/10.1038/nrd3957-c1][9. Sievert D.M., Ricks P., Edwards J.R., Schneider A., Patel J., Srinivasan A., et al. Antimicrobial-resistant pathogens associated with healthcare-associated infections: summary of data reported to the National Healthcare Safety Network at the Centers for Disease Control and Prevention, 2009-2010. Infect. Control. Hosp. Epidemiol. 2013; 34(1): 1–14. https://doi.org/10.1086/668770][10. Козлова Н.С., Баранцевич Н.Е., Баранцевич Е.П. Антибиотикорезистентность возбудителей гнойно-септических инфекций в многопрофильном стационаре. Проблемы медицинской микологии. 2018; 20(1): 40–8.][11. Скурихина Ю.Е., Туркутюков В.Б. Микробиологические и молекулярно-генетические аспекты антибиотикорезистентности Pseudomonas aeruginosa и Acinetobacter baumannii. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 18(6): 34–8. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2019-18-6-34-38][12. Тапальский Д.В., Бонда Н.А. Acinetobacter baumannii: распространенность, спектр и динамика антибиотикорезистентности, чувствительность к комбинациям антибиоти- ков. Журнал Гродненского государственного медицинского университета. 2018; 16(3): 286–91. https://doi.org/10.25298/2221-8785-2018-16-3-286-291][13. Potron A., Poirel L., Nordmann P. Emerging broad-spectrum resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii: mechanisms and epidemiology. Int. J. Antimicrob. Agents. 2015; 45(6): 568–85. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2015.03.001][14. Ulu-Kilic A., Gundogdu A., Cevahir F., Kilic H., Gunes T., Alp E. An outbreak of bloodstream infection due to extensively resistant Acinetobacter baumannii among neonates. Am. J. Infect. Control. 2018; 46(2): 154–8. https://doi.org/10.1016/j.ajic.2017.08.007][15. Dijkshoorn L., Nemec A., Seifert H. An increasing threat in hospitals: multidrug-resistant Acinetobacter baumannii. Nat. Rev. Microbiol. 2007; 5(12): 939–51. https://doi.org/10.1038/nrmicro1789][16. Горбич Ю.Л., Карпов И.А., Кречикова О.И. Инфекции, вызванные Acinetobacter baumannii: факторы риска, диагностика, лечение, подходы к профилактике. Медицинские новости. 2011; (5): 31–9.][17. Peleg A.Y., Seifert H., Paterson D.L. Acinetobacter baumannii: emergence of a successful pathogen. Clin. Microbiol. Rev. 2008; 21(3): 538–82. https://doi.org/10.1128/cmr.00058-07][18. Тапальский Д.В. Экстремально-антибиотикорезистентные грамотрицательные бактерии: распространение и стратегии антимикробного воздействия. Минск; 2019.][19. Cerceo E., Deitelzweig S.B., Sherman B.M., Amin A.N. Multidrug-resistant gram-negative bacterial infections in the hospital setting: overview, implications for clinical practice, and emerging treatment options. Microb. Drug Resist. 2016; 22(5): 412–31. https://doi.org/10.1089/mdr.2015.0220][20. Lim C.L.L., Chua A.Q., Teo J.Q.M., Cai Y., Lee W., Kwa A.L. Importance of control groups when delineating antibiotic use as a risk factor for carbapenem resistance, extreme-drug resistance, and pan-drug resistance in Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa: a systematic review and metaanalysis. Int. J. Infect. Dis. 2018; 76: 48–57. https://doi.org/10.1016/j.ijid.2018.05.017][21. Фельдблюм И.В., Захарова Ю.А., Николаева А.М., Федотова О.С. Эпидемиологическая диагностика внутрибольничных гнойно-септических инфекций синегнойной этиологии на основе внутривидового типирования возбудителя. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2013; (1): 14–20.][22. Воронина О.Л., Рыжова О.Л., Кунда О.Л., Лазарева А.В., Аксенова Е.И., Буркина Н.И. и др. Современные методы лабораторной диагностики в эпидемиологическом мониторинге возбудителей внутрибольничных инфекций. Поликлиника. 2016; (4-1): 22–5.][23. Захарова Ю.А., Федотова О.С., Николаева А.М., Климашина А.В. Изучение чувствительности штаммов Acinetobacter baumannii, циркулирующих в медицинских организациях г. Перми, к антибиотикам и экспериментальной серии бактериофага. Дезинфекционное дело. 2016; (1): 23–8.][24. Jolley K.A., Bray J.E., Maiden M.C.J. Open-access bacterial population genomics: BIGSdb software, the PubMLST.org website and their applications. Wellcome Open Res. 2018; 3: 124. https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.14826.1][25. Karah N., Sundsfjord A., Towner K., Samuelsen Ø. Insights into the global molecular epidemiology of carbapenem non-susceptible clones of Acinetobacter baumannii. Drug Resist. Updat. 2012; 15(4): 237–47. https://doi.org/10.1016/j.drup.2012.06.001][26. Wang X., Du Z., Huang W., Zhang X., Zhou Y. Outbreak of multidrug-resistant Acinetobacter baumannii ST208 producing OXA-23-like carbapenemase in a children's hospital in Shanghai, China. Microb. Drug. Resist. 2021; 27(6): 816–22. https://doi.org/10.1089/mdr.2019.0232][27. Fonseca É.L., Caldart R.V., Freitas F.S., Morgado S.M., Rocha L.T., Dos Santos R.C., et al. Emergence of extensively drug-resistant international clone IC-6 Acinetobacter baumannii carrying blaOXA-72 and blaCTX-M-115 in the Brazilian Amazon region. J. Glob. Antimicrob. Resist. 2020; 20: 18–21. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2019.06.014][28. Хоулт Дж. Определитель бактерий Берджи. М.: Мир; 1997.][29. МУК 4.2.1890-04. Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М.; 2004.][30. Giske C.G., Martinez L., Canton R., Stefani S., Skov R., Glupczynski Y., et al. EUCAST guidelines for detection of resistance mechanisms and specific resistances of clinical andor epidemiological importance. The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing, EUCAST; 2017.][31. Платонов А.Е., Шипулин Г.А., Платонова О.В. Мультилокусное секвенирование-новый метод генотипирования бактерий и первые результаты его применения. Генетика. 2000; 36(5): 597–605.][32. Bartual S.G., Seifert H., Hippler C., Luzon M.A., Wisplinghoff H., Rodríguez-Valera F. Development of a multilocus sequence typing scheme for characterization of clinical isolates of Acinetobacter baumannii. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(9): 4382–90. https://doi.org/10.1128/jcm.43.9.4382-4390.2005][33. Christensen G.D., Simpson W.A., Younger J.J., Baddour L.M., Barrett F.F., Melton D.M., et al. Adherence of coagulase-negative staphylococci to plastic tissue culture plates: a quantitative model for the adherence of Staphylococci to medical devices. J. Clin. Microbiol. 1985; 22(6): 996–1006. https://doi.org/10.1128/jcm.22.6.996-1006.1985][34. O'Toole G., Kaplan H.B., Kolter R. Biofilm formation as microbial development. Annu. Rev. Microbiol. 2000; 54: 49–79. https://doi.org/10.1146/annurev.micro.54.1.49][35. Маслов Ю.Н., Фельдблюм И.В., Пегушина О.Г., Прохорова Л.А., Ахмадзянова А.Р., Алиева Э.Х. Показатель чувствительности бактериальных культур к анилиновым красителям как эпидемиологический маркер. Медицинский алфавит. 2015; 1(6): 23–6.][36. Адамс М. Бактериофаги. Методы изучения вирусов бактерий. Пер. с англ. М.; 1961.][37. Федотова О.С., Захарова Ю.А. Микробиологические аспекты получения препарата бактериофага против Acinetobacter baumannii. Медицинский альманах. 2018; (1): 126–9.][38. Захарова Ю.А., Николаева А.М., Красильникова А.Н., Попова Н.Р., Федотова О.С. Изучение специфической активности и безопасности лечебно-профилактического препарата бактериофага против Acinetobacter baumannii и Pseudomonas aeruginosa. Медицинский алфавит. 2016; 1(6): 42–6.]