Characteristics of the COVID-19 epidemic process in the Northwestern Federal District during the circulation period of the Omicron variant (2022–2024)
- Authors: Gladkikh A.S.1, Khalilova A.A.1, Popova M.R.1, Arbuzova T.V.1, Klyuchnikova E.O.1, Dedkov V.G.1
-
Affiliations:
- Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
- Issue: Vol 103, No 4 (2026)
- Pages: 470-483
- Section: ORIGINAL RESEARCHES
- URL: https://microbiol.crie.ru/jour/article/view/19062
- DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-815
- EDN: https://elibrary.ru/YEQXSY
- ID: 19062
Cite item
Full Text
Abstract
Introduction. COVID-19, caused by SARS-CoV-2, remains a significant global health issue. Since late 2021, the Omicron variant has become dominant, characterized by high transmissibility but reduced virulence. Studying the regional characteristics of the epidemic process during its circulation is essential for assessing the transformation of the COVID-19 epidemic process and the emergence of circulation patterns approaching endemicity.
Objective. Analysis of the epidemiological situation of COVID-19 in the Northwestern Federal District of the Russian Federation during the period of dominance of the SARS-CoV-2 Omicron variant.
Materials and methods. An analysis of Rospotrebnadzor statistical data on morbidity, case fatality rate, age structure, and severity of COVID-19 in the Northwestern Federal District (NWFD) for 2022–2024 was conducted. To study genetic diversity, S-gene sequencing was performed on 16,008 samples from COVID-19 patients across 11 subjects of the Northwestern Federal District to determine the genetic lineages of circulating strains.
Results. A decrease in annual morbidity was observed, from 1,768,558 cases in 2022 to 145,482 in 2024. Morbidity exhibited a wave-like pattern with peaks associated with the succession of Omicron subvariants. A shift in morbidity towards the 65+ age group was noted (an increase in proportion from 12.0% to 22.7%). The proportion of severe forms has decreased significantly (from 3.7% to 0.2%), and case fatality rate decreased from 4.4% to 0.2%, while the proportion of mild and asymptomatic cases increased.
Conclusion. The data suggest the emergence of features of SARS-CoV-2 circulation in the NWFD approaching an endemic pattern, accompanied by a decrease in severe cases and case fatality rate amid the continued replacement of Omicron subvariants. At the same time, the decline in reported morbidity should be interpreted with caution because it may have been affected by changes in testing coverage, case ascertainment, and registration practices. The results confirm the need to maintain molecular epidemiological surveillance; expanded genomic monitoring, including whole-genome sequencing, is required for the detection and detailed characterization of new potentially significant variants.
Full Text
Введение
Коронавирусная инфекция COVID-19, вызванная вирусом SARS-CoV-2, с момента её выявления в конце 2019 г. и объявления пандемии Всемирной организацией здравоохранения в марте 2020 г.1 стала одной из наиболее значимых глобальных проблем общественного здравоохранения. В ходе пандемии эпидемический процесс характеризовался последовательной сменой генетических вариантов вируса2, что сопровождалось изменениями его контагиозности, клинических проявлений заболевания и уровня нагрузки на системы здравоохранения.
В конце 2021 г. в мире и на территории России был выявлен новый вариант SARS-CoV-2 — Omicron (B.1.1.529), отличающийся высокой трансмиссивностью и значительным числом мутаций в S-белке [1]. Его распространение привело к резкому росту заболеваемости COVID-19, при этом в ряде исследований отмечалось снижение доли тяжёлых форм заболевания и летальных исходов по сравнению с предшествующим вариантом Delta, особенно на фоне сформированного постинфекционного и вакцинального иммунитета [2].
В 2022–2024 гг. глобальная эпидемиологическая ситуация по COVID-19 претерпела существенные изменения и характеризовалась трансформацией эпидемического процесса и формированием признаков циркуляции SARS-CoV-2, приближающейся к эндемическому типу. Ключевым маркером этого перехода стало доминирование варианта Omicron и его субвариантов (BA.2, BA.5, XBB и др.), которые при высокой способности к распространению и иммунному уклонению демонстрировали меньшую вирулентность по сравнению с ранее циркулировавшими вариантами [3]. Совокупность факторов, включая накопление популяционного иммунитета и эволюцию вируса в сторону снижения патогенности, привела также к адаптации систем здравоохранения к новой инфекции.
Особенностью эпидемического процесса в России являлось относительно более позднее появление отдельных субвариантов Omicron по сравнению с рядом зарубежных стран, что связывают с особенностями транспортных связей и реализуемыми противоэпидемическими мерами [4]. Эпидемиологическая ситуация в период циркуляции варианта Omicron характеризовалась выраженной межрегиональной неоднородностью, проявлявшейся в различиях уровней заболеваемости, темпов распространения инфекции и структуры выявленных случаев между субъектами РФ [5, 6].
Северо-Западный федеральный округ (СЗФО) Российской Федерации, характеризующийся высокой плотностью населения, преобладанием городских агломераций и интенсивными транспортными потоками, стал одним из регионов с активным распространением варианта Omicron3. В период его доминирования отмечался кратковременный, но выраженный подъём заболеваемости, сопровождавшийся значительной нагрузкой на амбулаторное звено здравоохранения при относительно меньшей потребности в стационарной помощи по сравнению с предыдущими эпидемическими волнами [4]. В связи с этим анализ эпидемиологической ситуации по COVID-19 в СЗФО в период доминирования варианта SARS-CoV-2 Omicron представляет научный и практический интерес для оценки трансформации эпидемического процесса COVID-19.
Целью настоящего исследования является анализ эпидемиологической ситуации по COVID-19 в СЗФО в период доминирования варианта SARS-CoV-2 Omicron.
Материалы и методы
Анализ эпидемиологической ситуации
В настоящем исследовании использовали статистические данные, полученные из внутренней базы данных Роспотребнадзора, сформированной на основе ежедневных региональных отчётов. Рассчитаны абсолютные показатели заболеваемости в СЗФО за год, помесячная динамика заболеваемости (на 100 тыс. населения), показатели летальности, возрастная структура и структура тяжести течения COVID-19 (%).
Исследование проводилось при добровольном информированном согласии пациентов или их законных представителей. Протокол исследования одобрен Локальным этическим комитетом НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера (протокол № 99 от 24.09.2024).
Для описательной статистики рассчитывали средние значения и стандартную ошибку среднего. Для оценки точности показателей заболеваемости и летальности рассчитывали 95% доверительные интервалы (ДИ) с использованием t-критерия Стьюдента. t-Критерий применяли исключительно для построения ДИ и не использовали для проверки статистических гипотез о различиях между группами или периодами наблюдения.
Исследуемые образцы для изучения структуры циркулирующих геновариантов
В ходе мониторинга генетического разнообразия SARS-CoV-2 на территории России в период с января 2022 г. по декабрь 2024 г. было собрано 16 008 назофарингеальных мазков от пациентов с COVID-19, госпитализированных в стационары и медицинские центры субъектов СЗФО России с подтверждённым диагнозом COVID-19. Образцы поступали в НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера из 11 субъектов СЗФО для проведения секвенирования и последующего анализа генетических линий: Архангельской (n = 1995), Вологодской (n = 3587), Калининградской (n = 634), Ленинградской (n = 1126), Мурманской (n = 1029), Новгородской (n = 1681), Псковской (n = 919) областей, Республики Карелия (n = 313), Республики Коми (n = 1372), Ненецкого автономного округа (n = 140), города Санкт-Петербурга (n = 3212). Мазки отбирали в 500 мкл специальной транспортной среды или фосфатно-солевого буфера (pH 7,0) и хранили при –20°C до проведения анализа.
Молекулярно-генетическое типирование SARS-CoV-2
Экстракцию РНК из образцов назофарингеальных мазков проводили с использованием набора для выделения ДНК/РНК «РИБО-преп» («AmpliSens»). Элюирование ДНК/РНК осуществляли в 50 мкл элюирующего буфера, после чего образцы хранили при –70°C до проведения молекулярно-генетического анализа.
Подтверждение наличия РНК SARS-CoV-2 в образцах выполняли с использованием набора «COVID-19 Amp» для полимеразной цепной реакции в реальном времени (НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера). Образцы с Сt ≤ 25 отбирали для дальнейшего анализа методом секвенирования по Сэнгеру фрагментов S-гена с использованием праймеров, разработанных ранее [7]. Сборку полученных фрагментов в консенсусную последовательность проводили с помощью программы Ugene v. 40 [8], определение принадлежности к сублинии — программы Nextclade [9].
Результаты
Статистические данные свидетельствуют о последовательном снижении годового числа регистрируемых случаев COVID-19 в период наблюдения. В 2022 г. общее количество зарегистрированных случаев составило 1 768 558, в 2023 г. — 332 841, а к 2024 г. снизилось до 145 482.
Эпидемический процесс на протяжении 3-летнего периода характеризовался волнообразной динамикой. Наиболее выраженный подъём заболеваемости был зафиксирован в феврале 2022 г., когда показатель достиг 5544,3 (95% ДИ 5532,3–5556,3) на 100 тыс. населения, что коррелировало с глобальной сменой доминирующего варианта вируса — замещением варианта Delta вариантом Omicron. В последующие месяцы наблюдалось снижение уровня заболеваемости, однако в сентябре 2022 г. был зарегистрирован второй подъём показателя до 1407,6 (95% ДИ 1401,4–1413,8) на 100 тыс. населения (рис. 1). В 2023 г. подъёмы заболеваемости COVID-19 с локальными максимумами отмечались в марте (534,9; 95% ДИ 531,0–538,9) и декабре (541,8; 95% ДИ 537,8–545,7; рис. 1). Динамика заболеваемости в 2024 г. демонстрировала выраженные сезонные колебания с достижением максимальных значений в феврале (130,9; 95% ДИ 129,0–132,8), сентябре (128,1; 95% ДИ 126,2–130,0) и декабре (151,4; 95% ДИ 149,3–53,4).
Рис. 1. Заболеваемость COVID-19 в СЗФО.
При анализе возрастной структуры заболеваемости COVID-19 за 3 года были выявлены выраженные межгрупповые различия. Наиболее значимые изменения были зафиксированы в возрастной группе лиц старше 65 лет, где доля зарегистрированных случаев увеличилась с 12,0% в январе 2022 г. до 22,7% к декабрю 2024 г., демонстрируя устойчивую положительную динамику.
В противоположность этому, в возрастной группе 0–17 лет было отмечено снижение уровня заболеваемости: доля случаев уменьшилась с 21,7% в начале периода наблюдения до 12,5% к его завершению. В остальных возрастных группах регистрировались менее выраженные колебания показателей: в группе 50–64 лет вариабельность находилась в пределах 18,2–22,9%; в группе 30–49 лет отмечалось снижение доли заболевших с 35,5 до 27,7%; в группе 18–29 лет значения показателя колебались в диапазоне 12,6–14,2% (рис. 2).
Рис. 2. Изменение возрастной структуры заболеваемости COVID-19 в СЗФО.
Анализ тяжести течения заболевания COVID-19 показал устойчивую тенденцию к снижению доли тяжёлых форм в период с 2022 по 2024 г. Максимальные значения доли тяжёлого течения были зафиксированы в 2022 г. и составили 3,7%, тогда как к концу 2024 г. уровень снизился до 0,2%, что свидетельствует о значительном снижении доли тяжёлых случаев. Доля бессимптомных форм заболевания увеличилась с 9,3% в январе 2022 г. до 12,1% к декабрю 2024 г., что соответствует абсолютному приросту на 2,8%. Одновременно отмечено увеличение доли лёгких форм COVID-19 с 54,1 до 69,3%. В то же время доля среднетяжёлых форм заболевания снизилась с 35,3 до 18,4% (рис. 3).
Рис. 3. Распределение случаев COVID-19 по степени тяжести в СЗФО.
Летальность от COVID-19 за 2022–2024 гг. демонстрировала выраженную волнообразную динамику с постепенным снижением показателей. Сезонные пики летальности наблюдались на протяжении всего 3-летнего периода: в 2022 г. максимальные значения фиксировались в мае (4,4%; 95% ДИ 4,12–4,68) и ноябре (2,6%; 95% ДИ 2,42–2,83), в 2023 г. — в июне (2,6%; 95% ДИ 2,01–3,14), а в 2024 г. локальные максимумы отмечались в январе (0,8%; 95% ДИ 0,70–0,99) и мае (0,8%; 95% ДИ 0,56–0,99). Важной эпидемиологической характеристикой изучаемого периода является прогрессивное снижение уровня летальности — с пикового значения 4,4% в 2022 г. до 0,2% к концу 2024 г. (рис. 4).
Рис. 4. Летальность при COVID-19 в СЗФО.
В декабре 2021 г. были зарегистрированы первые случаи COVID-19, вызванные новым генотипом Omicron линии BA.1 [4]. К январю 2022 г. этот штамм стал доминирующим, составив 53,9% исследованных образцов, тогда как доля варианта Delta снизилась до 43,7%. Одновременно начали выявляться случаи заражения Omicron линии BA.2, который составил 2,4% образцов. К февралю 2022 г. распространённость варианта Delta резко снизилась до 5,3%, в то время как Omicron BA.2 демонстрировал активное распространение, достигнув 87,1% к июню. В этот же период зарегистрирован новый субвариант Omicron BA.4/BA.5, составивший 5,5% образцов, и к октябрю 2022 г. он почти полностью вытеснил ранее циркулирующие линии Omicron (рис. 5).
Рис. 5. Генетическое разнообразие SARS-CoV-2 в СЗФО в 2022 г.
В 2023 г. генетическое разнообразие SARS-CoV-2 характеризовалось циркуляцией разных субтипов Omicron. В начале 2023 г. доминировали линии Omicron BA.4/BA.5 (до 51,9% в январе) и BA.5 с мутациями в S-белке (до 39,7% в феврале). Весной наблюдалось быстрое увеличение доли варианта XBB.1.5 и подобных ему штаммов, которая достигла 50,6% в апреле, а к июню превысила 98%. В августе началось постепенное вытеснение этого варианта вследствие появления варианта XBB.1.16 «Арктур» и BA.2.86 «Пирола». В осенние месяцы отмечалось увеличение генетического разнообразия: к XBB 1.5-like присоединились новые сублинии EG.5 «Эрис» и FL.1.5.1 «Форнакс», внося значительный вклад в структуру циркулирующих вариантов. К концу года доля варианта XBB 1.5-like снизилась до 30,6%, тогда как XBB.1.16 увеличилась до 58,3%, что отражает очередную смену доминирующих генотипов (рис. 6).
Рис. 6. Генетическое разнообразие SARS-CoV-2 в СЗФО в 2023 г.
В 2024 г. динамика субвариантов Omicron характеризовалась вытеснением субвариантов XBB линией JN.1 и её потомками. В январе отмечалось значительное генетическое разнообразие, представленное несколькими субвариантами: XBB.1.9 (17,4%), XBB 1.5-like (13,7%), XBB (16,5%), BA.2.86 «Пирола» (30,8%), XBB.2.3 (9,2%) и др., при этом доминирующий вариант не был выявлен. В феврале наблюдалось резкое увеличение доли JN.1 до 74,1%, сопровождавшееся вытеснением других линий. С марта по май линия JN.1 стала доминирующей, достигнув 99,6% в мае. Летом происходила постепенная замена этой линии новым субвариантом KS.1 («Флирт»), который к июлю составил 40,6% образцов. До конца года произошло полное замещение циркулирующих линий: KS.1 составил 94.4% всех исследованных образцов в декабре и зафиксировано появление субварианта JN.1.16.1 (4,4%), что свидетельствует о продолжающейся смене сублиний Omicron (рис. 7).
Рис. 7. Генетическое разнообразие SARS-CoV-2 в СЗФО России в 2024 г.
Обсуждение
Проведённое исследование показало, что эпидемиологическая ситуация по COVID-19 в СЗФО за 2022–2024 гг. характеризовалась волнообразной динамикой заболеваемости с постепенным снижением общей заболеваемости и летальности. Наиболее выраженные подъёмы заболеваемости наблюдались в начале 2022 г., что коррелировало с глобальной заменой варианта Delta на Omicron BA.1. В целом по России V (зимне-весенняя) волна 2022 г., вызванная вариантом Omicron, характеризуется как максимальная по интенсивности заболеваемости с момента появления COVID-19 (заболеваемость в России в целом достигала 915,1 на 100 тыс. на пике). VI (осенняя) волна 2022 г., вызванная сублиниями Omicron BA.4/BA.5, была значительно ниже по интенсивности, чем зимне-весенняя [5]. Исследование в Приволжском федеральном округе также указывает на то, что волна январь–май 2022 г. отличалась максимальной заболеваемостью, связанной с появлением и высокой контагиозностью варианта Omicron [10]. Дальнейшие волны заболеваемости, зарегистрированные осенью 2022 г. и в 2023 г., носили сезонный характер и были связаны с циркуляцией новых субвариантов Omicron, включая BA.4/BA.5, XBB, JN.1 и КS.1. В пиковые периоды показатели заболеваемости в Москве и Санкт-Петербурге были соотносимы и превышали 5000 на 100 тыс. населения. Эпидемический процесс COVID-19 в Москве в 2022 г. характеризовался весенне-летним снижением заболеваемости и следующим за ним летне-осенним подъёмом [11]. Как показано ранее, география распространения COVID-19 в России подчиняется логике транспортных коридоров: начальные фазы эпидемиологического процесса привязаны к мегаполисам (Москва и Санкт-Петербург), откуда впоследствии происходило его масштабирование на всю территорию страны [12].
Как отмечает группа авторов под руководством В.Г. Акимкина, динамика пандемии COVID-19 укладывается в классическую теорию саморегуляции паразитарных систем В.Д. Белякова: вирус эволюционирует в сторону большей заразности, неизбежно снижая свою патогенность, что является ключевым условием его сохранения в популяции людей [12].
Следует учитывать, что анализ заболеваемости проводится на основе данных официальной регистрации случаев COVID-19. Поэтому наблюдаемое снижение зарегистрированной заболеваемости в 2022–2024 гг. не может быть интерпретировано исключительно как прямое отражение снижения истинной интенсивности эпидемического процесса. На динамику показателей могли влиять изменения объёмов лабораторного тестирования, выявляемости и практик регистрации случаев в различные периоды наблюдения.
Вакцинация сыграла значительную роль в изменении течения эпидемического процесса COVID-19 в России. Анализ данных по СЗФО за 2021–2024 гг. показал, что заболеваемость COVID-19 среди полностью привитых людей была в 5–9 раз ниже, чем среди непривитых [13]. В 2022–2023 гг. отмечалось уменьшение коэффициента эффективности вакцин и некоторое увеличение шансов заражения среди привитых по сравнению с периодом циркуляции предыдущих штаммов. Это подчёркивало необходимость ревакцинации. Исследования подтвердили, что нарушение схемы иммунизации (несвоевременная ревакцинация) приводило к повышению шансов заражения на 28,3–36,6%. Разработка и применение обновлённых вакцин в 2024 г. привели к повышению эпидемиологической эффективности вакцинации [13].
В странах Европы, Северной и Южной Америки после появления варианта Omicron отмечались кратковременные резкие подъёмы заболеваемости, сменявшиеся снижением уровня заболеваемости и летальности. Появление новых субвариантов Omicron, включая XBB и JN.1, также сопровождалось волнообразной динамикой и высоким уровнем распространения в странах Азии и США, но при этом сохранялось снижение тяжести течения болезни4. Появление варианта SARS-CoV-2 Omicron с многочисленными мутациями в S-гликопротеине привело к ускользанию от нейтрализующих антител и последующим волнам инфекции, затронувшим даже многократно вакцинированных лиц [14].
Анализ возрастной структуры показал смещение нагрузки заболеваемости COVID-19 по мере распространения варианта Omicron в сторону старших возрастных групп (≥ 65 лет), в то время как среди детей и подростков (0–17 лет) наблюдалось снижение доли заболевших. В целом по России наблюдалось смещение возрастной структуры заболевших в сторону старших возрастных групп. В СЗФО доля лиц 65 лет и старше увеличилась с 12,0 до 22,7%, что хорошо соотносится с результатами общероссийского исследования, где показан рост доли этой возрастной группы в период циркуляции Omicron и его дочерних геновариантов [5, 12]. Вместе с тем, если для Приволжского федерального округа в 2020–2023 гг. было характерно преобладание в структуре заболевших лиц 30–49 и 50–64 лет, то для СЗФО в 2022–2024 гг. более отчётливо выражено смещение эпидемиологической нагрузки на группу 65+. Выявленное увеличение доли зарегистрированных случаев COVID-19 в возрастной группе 65+, вероятно, имеет многофакторный характер. Оно может быть связано как с более высокой обращаемостью за медицинской помощью и, соответственно, большей вероятностью лабораторного подтверждения инфекции у пожилых пациентов, так и с возрастными особенностями иммунного ответа, снижением напряжённости постинфекционного и поствакцинального иммунитета, а также различиями в поддержании бустерного иммунитета в разных возрастных группах. В то же время использованные в настоящем исследовании агрегированные данные не позволяют количественно разделить вклад указанных факторов.
Динамика тяжести течения COVID-19 демонстрирует устойчивую тенденцию к снижению доли тяжёлых случаев и летальности. В СЗФО доля тяжёлых случаев снизилась с 3,7% в 2022 г. до 0,2% в конце 2024 г., а летальность уменьшилась с 4,4 до 0,2%. Исследование Л.С. Карповой и соавт. также фиксирует резкое снижение смертности в VI волну 2022 г. по сравнению с V волной: в России в целом — в 6,5 раза, а в Москве — в 26,6 раза [5]. Одновременно увеличилась доля лёгких и бессимптомных случаев. Эти изменения совпадают с общероссийской и международной динамикой, где после доминирования субвариантов Omicron отмечалось снижение тяжёлых форм заболевания, вероятно, вследствие накопленного иммунитета, снижения вирулентности циркулирующих вариантов и адаптации систем здравоохранения [2, 15, 16].
Генетический анализ показал высокую динамичность циркулирующих вариантов SARS-CoV-2. Последовательная смена субвариантов BA.1 → BA.2 → BA.4/BA.5 → XBB → KS.1 в СЗФО совпадала с глобальной ситуацией: новые линии Omicron быстро вытесняли предыдущие субварианты в Европе, США, Юго-Восточной Азии и Южной Америке, вызывая краткосрочные волны заболеваемости и одновременно снижение тяжести и летальности. Появление новых субвариантов, таких как XBB.1.16 «Арктур», EG.5 «Эрис» и JN.1.16.1, подтверждает высокую изменчивость вируса и необходимость постоянного молекулярно-генетического мониторинга. Каждый этап замещения доминирующего геноварианта сопровождался новым, хотя и менее выраженным, подъёмом заболеваемости. Изучение особенностей эпидемиологического процесса COVID-19 в Москве показало, что рост заболеваемости в большинстве волн совпадал со сменой доминирующей генетической линии; в 2023 г. как эпидемиологически значимые выделены сублинии XBB.1.9.1, XBB.1.9.3, XBB.1.5, XBB.1.16, BQ.1.1.45, CH.1.1 и CL.1 [17]. В исследовании по Приморскому краю также показано, что смена генетических вариантов вируса сопровождалась сменой клинико-эпидемиологических характеристик COVID-19, а соотношение циркулирующих вариантов имело региональные особенности: так, весной 2023 г. доля XBB.1.9.2 и XBB.1.16 там была выше среднероссийской [6].
Важно отметить, что общероссийские или межрегиональные данные в основном ограничены 2022–2023 гг.; полноценные опубликованные сведения по отдельным регионам России за 2024 г. либо отсутствуют, либо представлены крайне ограниченно. На этом фоне материалы по СЗФО за 2024 г., включающие как эпидемиологические показатели, так и данные о вытеснении XBB линией JN.1 и её подвариантами, приобретают самостоятельную научную ценность. Именно это обстоятельство позволяет рассматривать настоящее исследование не только как региональное описание, но и как один из немногих источников, характеризующих трансформацию эпидемического процесса COVID-19 в России на наиболее позднем этапе циркуляции варианта Omicron.
Ограничения исследования. Для молекулярно-генетического мониторинга использовалось секвенирование фрагментов S-гена методом Сэнгера, что позволяло отслеживать смену доминирующих вариантов и субвариантов SARS-CoV-2 в популяции, однако не обеспечивало полного охвата мутаций по всему геному вируса. Такой подход ограничивает возможности углублённой филогенетической интерпретации и не заменяет полногеномное секвенирование, но может быть с успехом применён для оценки вклада известных вариантов в общую структуру популяции вируса. Кроме того, в анализе структуры циркулирующих геновариантов следует принимать во внимание возможность смещения соотношений в связи с гетерогенностью выборки. Сбор образцов для секвенирования проводился из 11 субъектов СЗФО, однако распределение их количества было неравномерным (от 140 до > 3500 проб на регион) с доминированием образцов из субъектов с высокой численностью населения (Санкт-Петербург и Вологодская область). Представленные данные о долевом соотношении генетических линий следует интерпретировать как общую тенденцию для наиболее густо населённых центров СЗФО, которая может не в полной мере отражать ситуацию в субъектах с малой выборкой. Настоящее исследование также не включает собственных количественных данных об охвате вакцинацией и ревакцинацией населения в разрезе субъектов СЗФО в динамике по годам. Отсутствие этих данных не позволяет количественно оценить вклад вакцинации в наблюдаемое снижение заболеваемости и тяжести течения COVID-19 непосредственно в исследуемых регионах, при этом в работе обсуждается роль вакцинации в изменении характера эпидемического процесса со ссылкой на опубликованные данные [13].
Заключение
Таким образом, снижение заболеваемости, тяжести течения и летальности COVID-19 в сочетании с интенсивной циркуляцией новых субвариантов Omicron в СЗФО указывает на переход COVID-19 к характеру циркуляции, приближающемуся к эндемическому. Выявленные закономерности эпидемического процесса COVID-19 в СЗФО за 2022–2024 гг. вписываются в общероссийскую картину развития пандемии, но также имеют региональные особенности, особенно в динамике сменяемости конкретных генетических вариантов и их вклада в общую структуру популяции. Сохранение волнообразной динамики даже при снижении общей заболеваемости в показателях заболеваемости и летальности, а также сменяемость циркулирующих субвариантов подчёркивают необходимость поддержания на всех уровнях — от федерального до регионального — систем эпидемиологического и молекулярно-генетического надзора. Это, наряду с мерами по поддержанию популяционного иммунитета, является обязательным условием для своевременного выявления потенциально опасных вариантов и предотвращения локальных вспышек COVID-19.
1 World Health Organization. WHO Director-General’s opening remarks at the media briefing on COVID-19. 2020. URL: https://www.who.int/ru/news-room/speeches/item/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19---11-march-2020 (дата обращения: 17.02.2026).
2 Tracking SARS-CoV-2 variants. WHO; 2021. URL: https://www.who.int/ru/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/tracking-SARS-CoV-2-variants (дата обращения: 17.02.2026).
3 О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2022 году: Государственный доклад. М.; 2023.
4 World Health Organization (WHO). COVID-19 epidemiological update — 22 December 2023 [Internet]. Geneva; 2023. URL: https://www.who.int/publications/m/item/covid-19-epidemiological-update---22-december-2023 (дата обращения: 17.02.2026). Health Security Agency (UKHSA). SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: technical briefing 49 [Internet]. London; 2023. URL: https://www.gov.uk/government/publications/sars-cov-2-variants-of-concern-and-variants-under-investigation-in-england-technical-briefing-49 (дата обращения: 17.02.2026).
About the authors
Anna S. Gladkikh
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Author for correspondence.
Email: angladkikh@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-6759-1907
Cand. Sci. (Biol.), senior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring
Russian Federation, St. PetersburgAlena A. Khalilova
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Email: alenasharova21@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2086-7480
junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring
Russian Federation, St. PetersburgMargarita R. Popova
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Email: popova@pasteurorg.ru
ORCID iD: 0009-0003-1268-311X
junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring
Russian Federation, St. PetersburgTatiana V. Arbuzova
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Email: arbuzova@pasteurorg.ru
ORCID iD: 0000-0002-3074-8656
junior researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring
Russian Federation, St. PetersburgEkaterina O. Klyuchnikova
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Email: klyuchnikova@pasteurorg.ru
ORCID iD: 0000-0002-5403-7357
researcher, Laboratory of molecular genetic monitoring
Russian Federation, St. PetersburgVladimir G. Dedkov
Pasteur Research Institute of Epidemiology and Microbiology
Email: vgdedkov@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5500-0169
Cand. Sci. (Med.), Deputy director for science
Russian Federation, St. PetersburgReferences
- Karim S.S.A., Karim Q.A. Omicron SARS-CoV-2 variant: a new chapter in the COVID-19 pandemic. Lancet. 2021;398(10317):2126–8. DOI: https://doi.org/10.1016/s0140-6736(21)02758-6 EDN: https://elibrary.ru/rbltsl
- Nyberg T., Ferguson N.M., Nash S.G., et al. Comparative analysis of the risks of hospitalisation and death associated with SARS-CoV-2 omicron (B.1.1.529) and delta (B.1.617.2) variants in England: a cohort study. Lancet. 2022;399(10332):1303–12. DOI: https://doi.org/10.1016/s0140-6736(22)00462-7 EDN: https://elibrary.ru/datyxy
- Subramoney K., Mtileni N., Giandhari J., et al. Molecular epidemiology of SARS-CoV-2 during five COVID-19 waves and the significance of low-frequency lineages. Viruses. 2023;15(5):1194. DOI: https://doi.org/10.3390/v15051194 EDN: https://elibrary.ru/rcbslw
- Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., et al. Uninvited guest: arrival and dissemination of omicron lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms. 2022;10(8):1676. DOI: https://doi.org/10.3390/microorganisms10081676 EDN: https://elibrary.ru/brmlkl
- Карпова Л.С., Пелих М.Ю., Поповцева Н.М. и др. Коронавирусная инфекция, вызванная вариантом «омикрон» и его дочерними геновариантами в России (в 2022–2023 гг.). Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2024;23(2):36–49. Karpova L.S., Pelikh M.Yu., Popovtseva N.M., et al. Coronavirus infection caused by the omicron variant and its daughter genovariants in Russia (2022-2023). Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2024;23(2):36–49. DOI: https://doi.org/10.31631/2073-3046-2024-23-2-36-49 EDN: https://elibrary.ru/uqdnmi
- Попова А.Ю., Щелканов М.Ю., Крылова Н.В. и др. Генотипический портрет SARS-CoV-2 на территории Приморского края в период пандемии COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024;101(1):19–35. Popova A.Yu., Shchelkanov M.Yu., Krylova N.V., et al. Genotypic portrait of SARS-CoV-2 in Primorsky krai during the COVID-19 pandemic. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2024;101(1):19–35. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-497 EDN: https://elibrary.ru/pujffa
- Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., et al. Epidemiological features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses. 2022;14(5):931. DOI: https://doi.org/10.3390/v14050931 EDN: https://elibrary.ru/xgngef
- Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28(8):1166–7. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091 EDN: https://elibrary.ru/pdnjnv
- Aksamentov I., Roemer C., Hodcroft E.B., Neher R.A. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes. J. Open Source Softw. 2021;6(67):3773. EDN: https://elibrary.ru/imqmhu
- Тузова И.Н., Сарсков С.А., Кузоватова Е.Е. и др. Особенности эпидемического процесса COVID-19 в Приволжском федеральном округе в 2020–2023 гг. ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2024;16(4):117–27. Tuzova I.N., Sarskov S.A., Kuzovatova E.E., et al. Characteristics of the COVID-19 epidemic process in the Volga Federal District in 2020–2023. HIV Infection and Immunosuppressive Disorders. 2024;16(4):117–27. DOI: https://doi.org/10.22328/2077-9828-2024-16-4-117-127 EDN: https://elibrary.ru/wguhtw
- Гущин В.А., Почтовый А.А., Кустова Д.Д. и др. Характеристика эпидемического процесса COVID-19 в Москве и поиск возможных факторов, определяющих тенденции наблюдаемых изменений. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2023;100(4):267–84. Gushchin V.A., Pochtovyi A.A., Kustova D.D., et al. Characterisation of the COVID-19 epidemic process in Moscow and search for possible determinants of the trends of the observed changes. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2023;100(4): 267–84. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-375 EDN: https://elibrary.ru/pvnhvz
- Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(3):269–86. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Ploskireva A.A., et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022;99(3):269–86. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276 EDN: https://elibrary.ru/zxgtfd
- Загузов В.С., Лялина Л.В., Ветров В.В. и др. Эпидемиологическая оценка эффективности вакцинации в различные периоды развития эпидемического процесса COVID-19. Сибирский научный медицинский журнал. 2025;45(6):293–310. Zaguzov V.S., Lyalina L.V., Vetrov V.V., et al. Epidemiologic evaluation of vaccination efficacy during different periods of COVID-19 epidemic. The Siberian Scientific Medical Journal. 2025;45(6):293–310. DOI: https://doi.org/10.18699/SSMJ20250630 EDN: https://elibrary.ru/vwigcc
- Addetia A., Piccoli L., Case J.B., et al. Neutralization, effector function and immune imprinting of Omicron variants. Nature. 2023;621(7979):592–601. DOI: https://doi.org/10.1038/s41586-023-06487-6 EDN: https://elibrary.ru/rjeicp
- Ochani R., Asad A., Yasmin F., et al. COVID-19 pandemic: from origins to outcomes. A comprehensive review of viral pathogenesis, clinical manifestations, diagnostic evaluation, and management. Infez. Med. 2021;29(1):20–36.
- Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99(4):381–96. Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology. 2022; 99(4):381–96. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295 EDN: https://elibrary.ru/kvulas
- Pochtovyi A.A., Kustova D.D., Siniavin A.E., et al. In vitro efficacy of antivirals and monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 omicron lineages XBB.1.9.1, XBB.1.9.3, XBB.1.5, XBB.1.16, XBB.2.4, BQ.1.1.45, CH.1.1, and CL.1. Vaccines (Basel). 2023;11(10):1533. DOI: https://doi.org/10.3390/vaccines11101533 EDN: https://elibrary.ru/cxxgki
Supplementary files










